Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5)
Los astrovirus son virus redondos, pequeños, desnudos con RNA cadena sencilla de polaridad positiva. La clasificación actual de los astrovirus se realiza con base en el análisis filogenético de la secuencia completa del ORF2 el cual codifica para su cápside. La cepa de astrovirus porcino PUJP5 fue r...
- Autores:
-
Martínez Castillo, Laura Carolina
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2015
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/57928
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/57928
- Palabra clave:
- PoAstV - PUJP5
ORF2
Filogenia
PCR
3’RACE
PoAstV - PUJP5
ORF2
Phylogeny
PCR
3’RACE
Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas
Astrovirus
Cría de cerdos - Colombia
Filogenia (Botánica)
ARN
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
id |
JAVERIANA2_ffa25feccec00c9571ef25fef559a3c3 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/57928 |
network_acronym_str |
JAVERIANA2 |
network_name_str |
Repositorio Universidad Javeriana |
repository_id_str |
|
dc.title.spa.fl_str_mv |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
title |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
spellingShingle |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) PoAstV - PUJP5 ORF2 Filogenia PCR 3’RACE PoAstV - PUJP5 ORF2 Phylogeny PCR 3’RACE Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas Astrovirus Cría de cerdos - Colombia Filogenia (Botánica) ARN |
title_short |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
title_full |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
title_fullStr |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
title_full_unstemmed |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
title_sort |
Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5) |
dc.creator.fl_str_mv |
Martínez Castillo, Laura Carolina |
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Ulloa Rubiano, Juan Carlos |
dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Martínez Castillo, Laura Carolina |
dc.subject.spa.fl_str_mv |
PoAstV - PUJP5 ORF2 Filogenia PCR 3’RACE |
topic |
PoAstV - PUJP5 ORF2 Filogenia PCR 3’RACE PoAstV - PUJP5 ORF2 Phylogeny PCR 3’RACE Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas Astrovirus Cría de cerdos - Colombia Filogenia (Botánica) ARN |
dc.subject.keyword.spa.fl_str_mv |
PoAstV - PUJP5 ORF2 Phylogeny PCR 3’RACE |
dc.subject.armarc.spa.fl_str_mv |
Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas Astrovirus Cría de cerdos - Colombia Filogenia (Botánica) ARN |
description |
Los astrovirus son virus redondos, pequeños, desnudos con RNA cadena sencilla de polaridad positiva. La clasificación actual de los astrovirus se realiza con base en el análisis filogenético de la secuencia completa del ORF2 el cual codifica para su cápside. La cepa de astrovirus porcino PUJP5 fue reportada en el 2010 y desde entonces ha sido investigada por sus características básicas en orden de establecer su utilidad como cepa propotipo. Inicialmente su clasificación se hizo usando un fragmento de la región conservada de 398pb a partir del ORF2, sin embargo teniendo en cuenta que desde el 2013 el ICTV (International Commite on Taxonomy of Viruses) determinó que se debe usar el ORF2 completo para estos propósitos, en el presente trabajo se quiso buscar herramientas moleculares que contribuyan a la reclasificación o confirmación del genotipo de PUJP5. Para esto se usó inicialmente la estrategia conocida como RACE Invitrogen™ para obtener una cadena molde de cDNA del ORF2 y luego se intentaron amplificar por PCR convencional varias regiones del gen con el ánimo de obtener la secuencia primaria nucleotídica. Los resultados mostraron la amplificación de dos regiones hacia los extremos 5´y 3´, pero no se logró amplificar la zona media del gen. Finalmente se secuenciaron los extremos amplificados y se construyeron dos árboles filogenéticos, los cuales fueron comparados con los pre-existentes. El genotipo al cual aparentemente pertenece PUJP5 continúa siendo tipo 1. |
publishDate |
2015 |
dc.date.created.none.fl_str_mv |
2015 |
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2021-11-08T17:27:38Z |
dc.date.available.none.fl_str_mv |
2021-11-08T17:27:38Z |
dc.type.local.spa.fl_str_mv |
Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado |
dc.type.coar.none.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.type.driver.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
format |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10554/57928 |
dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Pontificia Universidad Javeriana |
dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana |
dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repository.javeriana.edu.co |
url |
http://hdl.handle.net/10554/57928 |
identifier_str_mv |
instname:Pontificia Universidad Javeriana reponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana repourl:https://repository.javeriana.edu.co |
dc.language.iso.spa.fl_str_mv |
spa |
language |
spa |
dc.rights.licence.*.fl_str_mv |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional |
dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
dc.rights.accessrights.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
rights_invalid_str_mv |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.spa.fl_str_mv |
PDF |
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.spa.fl_str_mv |
Pontificia Universidad Javeriana |
dc.publisher.program.spa.fl_str_mv |
Microbiología Industrial |
dc.publisher.faculty.spa.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
institution |
Pontificia Universidad Javeriana |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/3/license.txt http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/1/DOCUMENTO.pdf http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/2/Licencia%20de%20uso.pdf http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/4/DOCUMENTO.pdf.jpg http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/5/Licencia%20de%20uso.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
2070d280cc89439d983d9eee1b17df53 5527f6a341ec397c03f904174f50ecf2 6084244bd0ee81acbd6e7ac4f15759d6 de774ef738126c541daeba58f8be9446 84a208942a6bf1fb7f8e69d002f786ab |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana |
repository.mail.fl_str_mv |
repositorio@javeriana.edu.co |
_version_ |
1811671365129863168 |
spelling |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Ulloa Rubiano, Juan CarlosMartínez Castillo, Laura Carolina2021-11-08T17:27:38Z2021-11-08T17:27:38Z2015http://hdl.handle.net/10554/57928instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coLos astrovirus son virus redondos, pequeños, desnudos con RNA cadena sencilla de polaridad positiva. La clasificación actual de los astrovirus se realiza con base en el análisis filogenético de la secuencia completa del ORF2 el cual codifica para su cápside. La cepa de astrovirus porcino PUJP5 fue reportada en el 2010 y desde entonces ha sido investigada por sus características básicas en orden de establecer su utilidad como cepa propotipo. Inicialmente su clasificación se hizo usando un fragmento de la región conservada de 398pb a partir del ORF2, sin embargo teniendo en cuenta que desde el 2013 el ICTV (International Commite on Taxonomy of Viruses) determinó que se debe usar el ORF2 completo para estos propósitos, en el presente trabajo se quiso buscar herramientas moleculares que contribuyan a la reclasificación o confirmación del genotipo de PUJP5. Para esto se usó inicialmente la estrategia conocida como RACE Invitrogen™ para obtener una cadena molde de cDNA del ORF2 y luego se intentaron amplificar por PCR convencional varias regiones del gen con el ánimo de obtener la secuencia primaria nucleotídica. Los resultados mostraron la amplificación de dos regiones hacia los extremos 5´y 3´, pero no se logró amplificar la zona media del gen. Finalmente se secuenciaron los extremos amplificados y se construyeron dos árboles filogenéticos, los cuales fueron comparados con los pre-existentes. El genotipo al cual aparentemente pertenece PUJP5 continúa siendo tipo 1.Microbiólogo (a) IndustrialPregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaMicrobiología IndustrialFacultad de CienciasPoAstV - PUJP5ORF2FilogeniaPCR3’RACEPoAstV - PUJP5ORF2PhylogenyPCR3’RACEMicrobiología industrial - Tesis y disertaciones académicasAstrovirusCría de cerdos - ColombiaFilogenia (Botánica)ARNCaracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5)Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/3/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD53open accessORIGINALDOCUMENTO.pdfDOCUMENTO.pdfDocumentoapplication/pdf830943http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/1/DOCUMENTO.pdf5527f6a341ec397c03f904174f50ecf2MD51open accessLicencia de uso.pdfLicencia de uso.pdfLicencia de usoapplication/pdf732595http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/2/Licencia%20de%20uso.pdf6084244bd0ee81acbd6e7ac4f15759d6MD52metadata only accessTHUMBNAILDOCUMENTO.pdf.jpgDOCUMENTO.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5219http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/4/DOCUMENTO.pdf.jpgde774ef738126c541daeba58f8be9446MD54open accessLicencia de uso.pdf.jpgLicencia de uso.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg8308http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/57928/5/Licencia%20de%20uso.pdf.jpg84a208942a6bf1fb7f8e69d002f786abMD55open access10554/57928oai:repository.javeriana.edu.co:10554/579282022-05-03 09:23:26.644Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepositorio@javeriana.edu.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 |