Caracterización filogenética de la cepa de astrovirus de cerdo PUJP5 (POASTV-PUJP5)
Los astrovirus son virus redondos, pequeños, desnudos con RNA cadena sencilla de polaridad positiva. La clasificación actual de los astrovirus se realiza con base en el análisis filogenético de la secuencia completa del ORF2 el cual codifica para su cápside. La cepa de astrovirus porcino PUJP5 fue r...
- Autores:
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Martínez Castillo, Laura Carolina
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2015
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/57928
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/57928
- Palabra clave:
- PoAstV - PUJP5
ORF2
Filogenia
PCR
3’RACE
PoAstV - PUJP5
ORF2
Phylogeny
PCR
3’RACE
Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas
Astrovirus
Cría de cerdos - Colombia
Filogenia (Botánica)
ARN
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
| Summary: | Los astrovirus son virus redondos, pequeños, desnudos con RNA cadena sencilla de polaridad positiva. La clasificación actual de los astrovirus se realiza con base en el análisis filogenético de la secuencia completa del ORF2 el cual codifica para su cápside. La cepa de astrovirus porcino PUJP5 fue reportada en el 2010 y desde entonces ha sido investigada por sus características básicas en orden de establecer su utilidad como cepa propotipo. Inicialmente su clasificación se hizo usando un fragmento de la región conservada de 398pb a partir del ORF2, sin embargo teniendo en cuenta que desde el 2013 el ICTV (International Commite on Taxonomy of Viruses) determinó que se debe usar el ORF2 completo para estos propósitos, en el presente trabajo se quiso buscar herramientas moleculares que contribuyan a la reclasificación o confirmación del genotipo de PUJP5. Para esto se usó inicialmente la estrategia conocida como RACE Invitrogen™ para obtener una cadena molde de cDNA del ORF2 y luego se intentaron amplificar por PCR convencional varias regiones del gen con el ánimo de obtener la secuencia primaria nucleotídica. Los resultados mostraron la amplificación de dos regiones hacia los extremos 5´y 3´, pero no se logró amplificar la zona media del gen. Finalmente se secuenciaron los extremos amplificados y se construyeron dos árboles filogenéticos, los cuales fueron comparados con los pre-existentes. El genotipo al cual aparentemente pertenece PUJP5 continúa siendo tipo 1. |
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