Secuencia parcial del genoma del maxicírculo de Leishmania braziliensis, comparación con otros tripanosomátidos
Objetivo. Com o fim de contribuir nova informação relevante para estudos de genotipagem e filogenética do género Leishmania, neste estudo determinou-se a sequência do maxicirculo de Leishmania braziliensis, cepa MHOM-BR-75-M2904, comparando-secom as seqüências do maxicirculo reportadas para outras e...
- Autores:
-
Nocua, Paola; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá
Ramírez, Cesar; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá
Requena, José María; Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, Universidad Autónoma de Madrid (CSIC-UAM), Madrid
Puerta, Concepción Judith; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá
- Tipo de recurso:
- Article of journal
- Fecha de publicación:
- 2011
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- eng
- OAI Identifier:
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- Acceso en línea:
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kinetoplast DNA (kDNA), RNA editing, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicircle
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Seqüência do genoma parcial do maxicirculo de Leishmania braziliensis: montagem e comparação com outros tripanossomatídeos. |
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Maxicircle genome partial sequence of Leishmania braziliensis: assembling and comparison with other trypanosomatids. |
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Nocua, Paola; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá Ramírez, Cesar; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá Requena, José María; Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, Universidad Autónoma de Madrid (CSIC-UAM), Madrid Puerta, Concepción Judith; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá |
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Este trabajo fue financiado con recursos del Departamento Administrativo de Ciencia Tecnología e Innovación- Colciencias, Proyecto 146-2007. Paola Andrea Nocua Martínez fue financiada por el Programa de Jóvenes Investigadores e Innovadores y la Pontifica |
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Objetivo. Com o fim de contribuir nova informação relevante para estudos de genotipagem e filogenética do género Leishmania, neste estudo determinou-se a sequência do maxicirculo de Leishmania braziliensis, cepa MHOM-BR-75-M2904, comparando-secom as seqüências do maxicirculo reportadas para outras espécies de tripanossomatídeos. Materiais e Métodos. A busca das seqüências do maxicirculo foi realizada nas bases de dados para seqüências não alinhadas no GeneDB versão 2.1, assim como no GeneBank, utilizando o genes ND8 e RPS12 de L. braziliensis como sonda inicial. Essas seqüências foram alinhadas e comparadas com as suas homologas em outros tripanossomatídeos, mediante o uso de ferramentas bioinformáticas como L-ALIGN e ClustalW2. O tamanho total do maxicirculo foi determinado mediante ensaios de Southern blot. Resultados. Foram alinhados dois fragmentos do maxicirculo de L. braziliensis de 6535 e 4257 nucleotídeos, cujos genes apresentaram elevada sintenia e similaridade nas suas seqüências com os genes previamente reportados nas outras espécies de Leishmania. A similaridade vista estende-se, inclusive, aos padrões de edição para estas moléculas. Conclusões. Apesar de L. braziliensis ser a espécie mais divergente do gênero Leishmania, no que se refere ao seu genoma nuclear, o maxicirculo apresenta uma alta conservação. Esse resultado sugere que o padrão de edição apresentado nas espécies de Leishmania até agora estudadas, é conservado também no subgênero Viannia, o que indica uma alta conservação na edição dos transcritos mitocôndriais ao nível de gênero. Palavras-chave: ADN de kinetoplasto (ADNk), edição de ARN, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicirculo. |
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Paola Andrea Nocua Martínez fue financiada por el Programa de Jóvenes Investigadores e Innovadores y la PontificaNocua, Paola; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, BogotáRamírez, Cesar; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, BogotáRequena, José María; Centro de Biología Molecular Severo Ochoa, Universidad Autónoma de Madrid (CSIC-UAM), MadridPuerta, Concepción Judith; Laboratorio de Parasitología Molecular, Facultad de Ciencias, Pontificia Universidad Javeriana, Bogotá2018-02-24T16:00:06Z2020-04-15T18:07:51Z2018-02-24T16:00:06Z2020-04-15T18:07:51Z2011-01-01http://revistas.javeriana.edu.co/index.php/scientarium/article/view/134810.11144/javeriana.SC16-1.mgps2027-13520122-7483http://hdl.handle.net/10554/31534Objetivo. Com o fim de contribuir nova informação relevante para estudos de genotipagem e filogenética do género Leishmania, neste estudo determinou-se a sequência do maxicirculo de Leishmania braziliensis, cepa MHOM-BR-75-M2904, comparando-secom as seqüências do maxicirculo reportadas para outras espécies de tripanossomatídeos. Materiais e Métodos. A busca das seqüências do maxicirculo foi realizada nas bases de dados para seqüências não alinhadas no GeneDB versão 2.1, assim como no GeneBank, utilizando o genes ND8 e RPS12 de L. braziliensis como sonda inicial. Essas seqüências foram alinhadas e comparadas com as suas homologas em outros tripanossomatídeos, mediante o uso de ferramentas bioinformáticas como L-ALIGN e ClustalW2. O tamanho total do maxicirculo foi determinado mediante ensaios de Southern blot. Resultados. Foram alinhados dois fragmentos do maxicirculo de L. braziliensis de 6535 e 4257 nucleotídeos, cujos genes apresentaram elevada sintenia e similaridade nas suas seqüências com os genes previamente reportados nas outras espécies de Leishmania. A similaridade vista estende-se, inclusive, aos padrões de edição para estas moléculas. Conclusões. Apesar de L. braziliensis ser a espécie mais divergente do gênero Leishmania, no que se refere ao seu genoma nuclear, o maxicirculo apresenta uma alta conservação. Esse resultado sugere que o padrão de edição apresentado nas espécies de Leishmania até agora estudadas, é conservado também no subgênero Viannia, o que indica uma alta conservação na edição dos transcritos mitocôndriais ao nível de gênero. Palavras-chave: ADN de kinetoplasto (ADNk), edição de ARN, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicirculo.Objetivo. Con el fin de aportar nueva información relevante para estudios de genotipificación y filogenética del género Leishmania, en este estudio se determinó y comparó la secuencia del maxicírculo de Leishmania braziliensis, cepa MHOM-BR-75-M2904, con las secuencias del maxicírculo reportadas para otras especies de tripanosomátidos. Materiales y métodos. La búsqueda de las secuencias del maxicírculo se realizó en las bases de datos de secuencias no ensambladas del GeneDB versión 2.1, así como en el GenBank, utilizando los genes ND8 y RPS12 de L. braziliensis como sonda inicial. Estas secuencias se ensamblaron y se compararon con sus homólogas en otros tripanosomátidos mediante el uso de herramientas bioinformáticas como LALIGN y ClustalW2. El tamaño total del maxicírculo se determinó mediante ensayos de Southern blot. Resultados. Se ensamblaron dos fragmentos del maxicírculo de L. braziliensis de 6535 y 4257 nucleótidos, cuyos genes presentaron elevada sintenia y similitud en sus secuencias con los previamente reportados en otras especies de Leishmania. Similitud que se extiende incluso a los patrones de edición de estas moléculas. Conclusiones. A pesar de ser L. braziliensis la especie más divergente del género Leishmania en cuanto a su genoma nuclear, el marxicírculo presenta una elevada conservación. Resultado que sugiere que el patrón de edición presente en las diferentes especies de Leishmania hasta ahora estudiadas se conserva también en el subgénero Viannia, lo que indica una elevada conservación en la edición de los transcritos mitocondriales a nivel de género. Palabras clave: ADN del cinetoplasto (ADNk), edición del ARN, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicírculo.Objective. With the aim to provide new insights for genotyping and phylogenetic studies of the Leishmania genus, in this study the sequence of the maxicircle in Leishmania braziliensis, strain MHOM-BR-75-M2904, was determined and compared with those reported in other trypanosomatids species. Materials and methods. Searches for maxicircle sequences were performed in the unassembled sequences of GeneDB database version 2.1, as well as in the GenBank, using the ND8 and RPS12 genes of L. braziliensis as the initial probes. These sequences were assembled and compared with the homologous sequences of trypanosomatids using the bioinformatics tools LALIGN and ClustalW2. The size of maxicircle was determined by Southern blot assays. Results. Two maxicircle fragments of 6535 and 4257 nucleotides were assembled. The sequences of these genes showed high synteny and similarity with the sequences in other Leishmania species. This similarity even was extended to the editing patterns of these molecules. Conclusions. Although L. braziliensis is the most divergent species of the Leishmania genus in their nuclear genome, the maxicicircle has a high conservation. This result suggests that the pattern of editing present in the different Leishmania species studied has been conserved also in the subgenus Viannia. These results indicate a high conservation in the editing of mitochondrial transcripts at the genus level. Key words: kinetoplast DNA (kDNA), RNA editing, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicircle.PDFapplication/pdftext/htmlengPontificia Universidad Javerianahttp://revistas.javeriana.edu.co/index.php/scientarium/article/view/1348/814http://revistas.javeriana.edu.co/index.php/scientarium/article/view/1348/4279Universitas Scientiarum; Vol 16, No 1 (2011); 29-50Universitas Scientiarum; Vol 16, No 1 (2011); 29-50Universitas Scientiarum; Vol 16, No 1 (2011); 29-50nullkinetoplast DNA (kDNA), RNA editing, Leishmania (Viannia) braziliensis, maxicirclenullSecuencia parcial del genoma del maxicírculo de Leishmania braziliensis, comparación con otros tripanosomátidosSeqüência do genoma parcial do maxicirculo de Leishmania braziliensis: montagem e comparação com outros tripanossomatídeos.Maxicircle genome partial sequence of Leishmania braziliensis: assembling and comparison with other trypanosomatids.nullnullnullhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Artículo de revistahttp://purl.org/coar/resource_type/c_6501http://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1info:eu-repo/semantics/article10554/31534oai:repository.javeriana.edu.co:10554/315342023-03-28 16:15:56.514Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepositorio@javeriana.edu.co |