Estandarización de condiciones de amplificación de fragmentos de ADN mitocondrial de especímenes colombianos del perico carisucio (Eupsittula pertinax)
Eupsittula pertinax se encuentra dentro de las aves con mayor número de incautaciones en la escena del tráfico ilegal en Colombia. Estos especímenes de ser liberados retornarían a los rangos de distribución de la especie, sin embargo, morfológica y geográficamente no hay certeza sobre la subespecie...
- Autores:
-
Paz Cortés, Daniela Noemí
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2022
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
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- Acceso en línea:
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Biología - Tesis y disertaciones académicas
Loros - Colombia
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Eupsittula pertinax se encuentra dentro de las aves con mayor número de incautaciones en la escena del tráfico ilegal en Colombia. Estos especímenes de ser liberados retornarían a los rangos de distribución de la especie, sin embargo, morfológica y geográficamente no hay certeza sobre la subespecie a la que pertenecen. El uso de herramientas moleculares podría solucionar este vacío de conocimiento, para este propósito se estandarizaron las condiciones de la PCR para cuatro marcadores mitocondriales (COI, 12S, 16S y ND2) que a futuro sean base para la identificación de las subespecies de E. pertinax. Se extrajo el ADN de 33 individuos, a partir de las almohadillas plantares y uñas de ejemplares de colecciones biológicas (12) y sangre de individuos decomisados por tráfico residentes en hogares de paso (21). Se estandarizaron las temperaturas de hibridación óptimas para los primers de cada marcador. Se obtuvieron en total 33 secuencias correspondientes a 14 individuos de E.pertinax y uno de Aratinga weddellii. Se realizaron análisis de distancias de estas secuencias mediante árboles Neighbor Joining (NJ) individuales para cada marcador como para concatenaciones entre marcadores |
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Pinedo Castro, Myreya Omayra ZoraidaPaz Cortés, Daniela NoemíEcheverry Galvis, María ÁngelaColombia2022-07-19T12:09:31Z2022-07-19T12:09:31Z2022-07-06http://hdl.handle.net/10554/60861instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coEupsittula pertinax se encuentra dentro de las aves con mayor número de incautaciones en la escena del tráfico ilegal en Colombia. Estos especímenes de ser liberados retornarían a los rangos de distribución de la especie, sin embargo, morfológica y geográficamente no hay certeza sobre la subespecie a la que pertenecen. El uso de herramientas moleculares podría solucionar este vacío de conocimiento, para este propósito se estandarizaron las condiciones de la PCR para cuatro marcadores mitocondriales (COI, 12S, 16S y ND2) que a futuro sean base para la identificación de las subespecies de E. pertinax. Se extrajo el ADN de 33 individuos, a partir de las almohadillas plantares y uñas de ejemplares de colecciones biológicas (12) y sangre de individuos decomisados por tráfico residentes en hogares de paso (21). Se estandarizaron las temperaturas de hibridación óptimas para los primers de cada marcador. Se obtuvieron en total 33 secuencias correspondientes a 14 individuos de E.pertinax y uno de Aratinga weddellii. Se realizaron análisis de distancias de estas secuencias mediante árboles Neighbor Joining (NJ) individuales para cada marcador como para concatenaciones entre marcadoresEupsittula pertinax is among the birds with the highest number of seizures in the scenario of illegal trafficking in Colombia. These specimens, if released, would return to the distribution range of the species; however, morphologically and geographically there is no certainty about the subspecies to which they belong. The use of molecular tools could solve this knowledge gap. PCR conditions were standardized for four mitochondrial markers (COI, 12S, 16S and ND2) that in the future will be the basis for the identification of E. pertinax subspecies. DNA from 33 individuals was extracted from plantar pads and nails of specimens from biological collections (12) and blood from individuals seized for trafficking residing in transient homes (21). Optimal hybridization temperatures were standardized for the primers of each marker. A total of 33 sequences corresponding to 14 individuals of E. pertinax and one of Aratinga weddellii were obtained. Distance analyses of these sequences were performed using individual Neighbor Joining (NJ) trees for each marker as well as concatenations between markers.Biólogo (a)PregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaBiologíaFacultad de CienciasPsittacidaePCRExtracción de ADNColecciones biológicasÁrboles de distanciasPsittacidaePCRDNA extractionBiological collectionsNeighbor Joining treesBiología - Tesis y disertaciones académicasLoros - ColombiaVariación (Genética) - Loros - ColombiaConservación biológica - ColombiaEstandarización de condiciones de amplificación de fragmentos de ADN mitocondrial de especímenes colombianos del perico carisucio (Eupsittula pertinax)Standardization of conditions for amplification of mitochondrial DNA fragments from Colombian specimens of the Brown-throated Parakeet (Eupsittula pertinax)Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/5/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD55open accessORIGINALInforme final_DanielaNoemíPazCortés_2210 Cor (7).pdfInforme final_DanielaNoemíPazCortés_2210 Cor (7).pdfDocumentoapplication/pdf533087http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/4/Informe%20final_DanielaNoem%c3%adPazCort%c3%a9s_2210%20Cor%20%287%29.pdff091263c14e7b26e919448bdd6574e0cMD54open accessFormato Carta firmas directores jurados trabajo de grado Daniela Paz (1).pdfFormato Carta firmas directores jurados trabajo de grado Daniela Paz (1).pdfCarta aprobación directoresapplication/pdf298489http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/3/Formato%20Carta%20firmas%20directores%20jurados%20trabajo%20de%20grado%20Daniela%20Paz%20%281%29.pdf38bd8c18d0080beb2bfcb9480941b2f1MD53restricted accessCarta_de_autorizacion (1).pdfCarta_de_autorizacion (1).pdfLicencia de usoapplication/pdf290335http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/2/Carta_de_autorizacion%20%281%29.pdff57acd6ee6e77eec88847e0c47799e20MD52restricted accessTHUMBNAILInforme final_DanielaNoemíPazCortés_2210 Cor (7).pdf.jpgInforme final_DanielaNoemíPazCortés_2210 Cor (7).pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg9416http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/6/Informe%20final_DanielaNoem%c3%adPazCort%c3%a9s_2210%20Cor%20%287%29.pdf.jpgd4281a7025172616b0d7e74c812581e0MD56open accessFormato Carta firmas directores jurados trabajo de grado Daniela Paz (1).pdf.jpgFormato Carta firmas directores jurados trabajo de grado Daniela Paz (1).pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5630http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/7/Formato%20Carta%20firmas%20directores%20jurados%20trabajo%20de%20grado%20Daniela%20Paz%20%281%29.pdf.jpg98ed62547081b6aff188440179758fa3MD57open accessCarta_de_autorizacion (1).pdf.jpgCarta_de_autorizacion (1).pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg6813http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/60861/8/Carta_de_autorizacion%20%281%29.pdf.jpg458b24c6e913d4adb49dcd147d122024MD58open access10554/60861oai:repository.javeriana.edu.co:10554/608612022-07-30 03:05:27.667Repositorio Institucional - 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