Características operativas del método modificado de inactivación de carbapenémicos en Pseudomonas aeruginosa
Introducción: Pseudomonas aeruginosa es uno de los microorganismos de mayor importancia clínica no solo por la gran variedad de infecciones intrahospitalarias que causa como bacteriemias, infecciones del tracto urinario e infecciones asociadas a ventilación mecánica, entre otras, sino por la capacid...
- Autores:
-
Losada Pardo, Paula
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2018
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/39137
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/39137
- Palabra clave:
- Pseudomonas aeruginosa
Método modificado de inactivación de carbapenémicos (mCIM)
Carbapenémicos
Carbapenemasas
Metalo-β-lactamasas
PCR
Pseudomonas aeruginosa
Modified carbapenem inactivation method (mCIM)
Carbapenems
Carbapenemases
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Bacteriología - Tesis y disertaciones académicas
Reacción en cadena por polimerasa
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Introducción: Pseudomonas aeruginosa es uno de los microorganismos de mayor importancia clínica no solo por la gran variedad de infecciones intrahospitalarias que causa como bacteriemias, infecciones del tracto urinario e infecciones asociadas a ventilación mecánica, entre otras, sino por la capacidad de diseminación, adaptación y resistencia a múltiples antibióticos. Esta última, se puede presentar por medio de diversos mecanismos como la producción de carbapenemasas, la mayoría de tipo metalo-beta-lactamasas (MBL), lo cual puede llegar a ser una gran amenaza médica por su fácil diseminación plasmídica, representando en el laboratorio clínico un reto considerable. Actualmente, los métodos utilizados en los laboratorios clínicos para confirmar mecanismos enzimáticos de resistencia en Pseudomonas aeruginosa son la prueba de sinergismo con EDTA, la cual detecta la presencia de MBL y pruebas de PCR convencional que detectan el gen que codifica para la producción de enzimas involucradas en la resistencia. Ahora bien, el método estándar para detección de resistencia a carbapenémicos sigue siendo la concentración mínima inhibitoria (MIC) de los diversos antibióticos. En cuanto a técnicas confirmatorias fenotípicas de mecanismos enzimáticos de resistencia a carbapenémicos, existe un nuevo método de bajo costo y rápido de hacer e interpretar que es el método modificado de inactivación de carbapenémicos (mCIM), el cual presenta pocos estudios sobre sus características operativas para microorganismos no fermentadores como P. aeruginosa. Objetivo: Determinar las características operativas del método modificado de inactivación de carbapenémicos (mCIM) en Pseudomonas aeruginosa. Materiales y métodos: Estudio observacional retrospectivo, llevado a cabo en el Hospital Universitario San Ignacio en 160 aislamientos pertenecientes a su cepario entre enero del 2014 y agosto del 2018. Se determinó la sensibilidad (Sn), especificidad (Sp), valor predictivo positivo (VPP) y negativo (VPN), además se calculó el coeficiente Kappa de cohen nominal y su intervalo de confianza para determinar la concordancia entre los métodos de estudio y la prueba Gold Standard (PCR convencional). Resultados: Se obtuvo una sensibilidad del 82,4% (IC = 95% (0,72 a 0,89)), especificidad del 97,7% (IC = 95% (0,91 a 0,99)), VPP de 96,8%, un VPN 86,6% y un coeficiente Kappa de 90% (0,900) en el método modificado de inactivación de carbapenémicos y en el test de sinergismo con EDTA se obtuvo una sensibilidad del 65% (IC = 95% (0,46 a 0,81)), especificidad del 92% (IC = 95% (0,86 a 0,95)), VPP de 61%, VPN 93% y un coeficiente Kappa de 61% (0,611). Se encontraron 13 falsos negativos y 2 falsos positivos en el mCIM y se detectaron 7 falsos positivos y 9 falsos positivos en el test de sinergismo con EDTA. Conclusión: Las características operativas del método modificado de inactivación de carbapenémicos muestran una sensibilidad de 82% y una especificidad de 98% y el test de sinergismo con EDTA una sensibilidad de 65% y una especificidad de 92%. El método modificado de inactivación de carbapenémicos tiene una concordancia “casi perfecta” y el test de sinergismo con EDTA una concordancia “buena” con respecto a la PCR convencional para la detección de carbapenemasas. |
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, “Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores”, los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Ariza Ayala, Beatriz ElenaLosada Pardo, PaulaEsparza Sánchez, German Francisco2018-12-10T13:34:33Z2020-04-15T15:50:05Z2018-12-10T13:34:33Z2020-04-15T15:50:05Z2018-11-30http://hdl.handle.net/10554/39137instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coIntroducción: Pseudomonas aeruginosa es uno de los microorganismos de mayor importancia clínica no solo por la gran variedad de infecciones intrahospitalarias que causa como bacteriemias, infecciones del tracto urinario e infecciones asociadas a ventilación mecánica, entre otras, sino por la capacidad de diseminación, adaptación y resistencia a múltiples antibióticos. Esta última, se puede presentar por medio de diversos mecanismos como la producción de carbapenemasas, la mayoría de tipo metalo-beta-lactamasas (MBL), lo cual puede llegar a ser una gran amenaza médica por su fácil diseminación plasmídica, representando en el laboratorio clínico un reto considerable. Actualmente, los métodos utilizados en los laboratorios clínicos para confirmar mecanismos enzimáticos de resistencia en Pseudomonas aeruginosa son la prueba de sinergismo con EDTA, la cual detecta la presencia de MBL y pruebas de PCR convencional que detectan el gen que codifica para la producción de enzimas involucradas en la resistencia. Ahora bien, el método estándar para detección de resistencia a carbapenémicos sigue siendo la concentración mínima inhibitoria (MIC) de los diversos antibióticos. En cuanto a técnicas confirmatorias fenotípicas de mecanismos enzimáticos de resistencia a carbapenémicos, existe un nuevo método de bajo costo y rápido de hacer e interpretar que es el método modificado de inactivación de carbapenémicos (mCIM), el cual presenta pocos estudios sobre sus características operativas para microorganismos no fermentadores como P. aeruginosa. Objetivo: Determinar las características operativas del método modificado de inactivación de carbapenémicos (mCIM) en Pseudomonas aeruginosa. Materiales y métodos: Estudio observacional retrospectivo, llevado a cabo en el Hospital Universitario San Ignacio en 160 aislamientos pertenecientes a su cepario entre enero del 2014 y agosto del 2018. Se determinó la sensibilidad (Sn), especificidad (Sp), valor predictivo positivo (VPP) y negativo (VPN), además se calculó el coeficiente Kappa de cohen nominal y su intervalo de confianza para determinar la concordancia entre los métodos de estudio y la prueba Gold Standard (PCR convencional). Resultados: Se obtuvo una sensibilidad del 82,4% (IC = 95% (0,72 a 0,89)), especificidad del 97,7% (IC = 95% (0,91 a 0,99)), VPP de 96,8%, un VPN 86,6% y un coeficiente Kappa de 90% (0,900) en el método modificado de inactivación de carbapenémicos y en el test de sinergismo con EDTA se obtuvo una sensibilidad del 65% (IC = 95% (0,46 a 0,81)), especificidad del 92% (IC = 95% (0,86 a 0,95)), VPP de 61%, VPN 93% y un coeficiente Kappa de 61% (0,611). Se encontraron 13 falsos negativos y 2 falsos positivos en el mCIM y se detectaron 7 falsos positivos y 9 falsos positivos en el test de sinergismo con EDTA. Conclusión: Las características operativas del método modificado de inactivación de carbapenémicos muestran una sensibilidad de 82% y una especificidad de 98% y el test de sinergismo con EDTA una sensibilidad de 65% y una especificidad de 92%. El método modificado de inactivación de carbapenémicos tiene una concordancia “casi perfecta” y el test de sinergismo con EDTA una concordancia “buena” con respecto a la PCR convencional para la detección de carbapenemasas.Introduction: Pseudomonas aeruginosa is one of the most clinically important microorganisms not only due to the great variety of intrahospital infections that it causes, such as bacteremia, urinary tract infections and infections associated with mechanical ventilation, among others, but also because of its capacity for dissemination, adaptation and resistance to multiple antibiotics. The latter can be presented by means of various mechanisms such as the production of carbapenemases, most of which are metallo-beta-lactamases (MBL), which can be a great medical threat due to its easy plasmid dissemination, representing in the laboratory clinical a considerable challenge. Currently, the methods used in clinical laboratories to confirm enzymatic mechanisms of resistance in Pseudomonas aeruginosa are the synergy test with EDTA, which detects the presence of MBL and conventional PCR tests that detect the gene that codes for the production of enzymes involved. in the resistance. However, the standard method for detecting resistance to carbapenems remains the minimum inhibitory concentration (MIC) of the various antibiotics. As for phenotypic confirmatory techniques of enzymatic mechanisms of resistance to carbapenems, there is a new method of low cost and rapid to make and interpret that is the modified method of inactivation of carbapenems (mCIM), which presents few studies on its operational characteristics for non-fermenting microorganisms such as P. aeruginosa. Objective: To determine the operative characteristics of the modified method of inactivation of carbapenems (mCIM) in Pseudomonas aeruginosa. Materials and methods: A retrospective observational study was carried out at the San Ignacio University Hospital in 160 isolates belonging to its cepario between January 2014 and August 2018. Sensitivity (Sn), specificity (Sp), positive predictive value were determined ( VPP) and negative (VPN), in addition, the nominal Kappa Cohen coefficient and its confidence interval were calculated to determine the agreement between the study methods and the Gold Standard test (conventional PCR). Results: A sensitivity of 82.4% was obtained (CI = 95% (0.72 to 0.89)), specificity of 97.7% (CI = 95% (0.91 to 0.99)), PPV of 96.8%, a VPN 86.6% and a Kappa coefficient of 90% (0.900) in the modified method of inactivation of carbapenems and in the synergy test with EDTA a sensitivity of 65% was obtained (CI = 95% (0.46 to 0.81)), specificity of 92% (CI = 95% (0.86 to 0.95)), PPV of 61%, NPV 93% and a Kappa coefficient of 61% (0.611). We found 13 false negatives and 2 false positives in the mCIM and 7 false positives and 9 false positives were detected in the EDTA synergy test. Conclusion: The operative characteristics of the modified method of inactivation of carbapenems show a sensitivity of 82% and a specificity of 98% and the synergy test with EDTA a sensitivity of 65% and a specificity of 92%. The modified method of inactivation of carbapenems has an "almost perfect" concordance and the EDTA synergy test has a "good" agreement with respect to conventional PCR for the detection of carbapenemase.Bacteriólogo (a)PregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaBacteriologíaFacultad de CienciasPseudomonas aeruginosaMétodo modificado de inactivación de carbapenémicos (mCIM)CarbapenémicosCarbapenemasasMetalo-β-lactamasasPCRPseudomonas aeruginosaModified carbapenem inactivation method (mCIM)CarbapenemsCarbapenemasesMetallo-β-lactamasesPCRBacteriología - Tesis y disertaciones académicasReacción en cadena por polimerasaCaracterísticas operativas del método modificado de inactivación de carbapenémicos en Pseudomonas aeruginosaTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisLICENSElicense.txttext/plain2603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/39137/1/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD51open accessORIGINALPDF Trabajo de grado_Losada_Pardo_Paula.pdfapplication/pdf1094273http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/39137/2/PDF%20Trabajo%20de%20grado_Losada_Pardo_Paula.pdfc87eb7eab22f6fb8fbbf766e3eed682cMD52open accessCarta_de_autorizacion_Losada_Pardo_Paula.pdfapplication/pdf78173http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/39137/3/Carta_de_autorizacion_Losada_Pardo_Paula.pdfb3db6aa6e08252e12014766ae199ea09MD53metadata only accessTHUMBNAILPDF Trabajo de grado_Losada_Pardo_Paula.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg2525http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/39137/4/PDF%20Trabajo%20de%20grado_Losada_Pardo_Paula.pdf.jpg0e2be8d44078a18119782f42d287091fMD54open accessCarta_de_autorizacion_Losada_Pardo_Paula.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5200http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/39137/5/Carta_de_autorizacion_Losada_Pardo_Paula.pdf.jpg71cce59571e8b8d60962e3fa9e3f1d64MD55open access10554/39137oai:repository.javeriana.edu.co:10554/391372022-05-02 15:58:38.967Repositorio Institucional - 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