Detección de arqueas y virus presentes en pacientes con cáncer oral a partir de análisis metagenómicos
Antecedentes: La cavidad oral alberga diversos microorganismos (arqueas, hongos bacterias y virus) constituyentes del microbiota oral; su estudio ha establecido que su disbiosis está relacionada con enfermedades como el Carcinoma Escamocelular Oral (CECO). Gracias a la secuenciación de última genera...
- Autores:
-
Garcia Robayo, Dabeiba Adriana
Bernal Vélez, Camilo Javier
García Quiñones, Malory Daniela
Hernández Sánchez, Paola
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
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- OAI Identifier:
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- Acceso en línea:
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Virus
Carcinoma
Escamocelular
Oral
Archaea
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Carcinoma
Especialización en patología y cirugía bucal - Tesis y disertaciones académicas
Neoplasias de la boca
Neoplasias de la boca - Diagnóstico
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Antecedentes: La cavidad oral alberga diversos microorganismos (arqueas, hongos bacterias y virus) constituyentes del microbiota oral; su estudio ha establecido que su disbiosis está relacionada con enfermedades como el Carcinoma Escamocelular Oral (CECO). Gracias a la secuenciación de última generación (NGS) se ha podido estudiar a fondo esta microbiota, pero en CECO, su descripción es escasa. Aunque se han identificado virus y arqueas relacionados con cáncer en otros sitios anatómicos no se ha determinado su presencia de manera diferencial en múltiples microambientes orales, que incluya muestras de pacientes con CEOC. Objetivo: Identificar presencia de virus y arqueas presentes en muestras de pacientes con cáncer oral. Métodos: Estudio observacional descriptivo. En muestras de saliva, placa, tumor de 10 pacientes con CECO. saliva y placa de 10 controles, se realizó NGS. A partir de los datos obtenidos se seleccionaron cuatro microorganismos de interés (Methanobrevibacter sp AbM4-arquea y Lactobacillus phague KC5a-virus asociados a enfermedad y Candidatus Methanomethylophilus alvus-arquea, Campylobacter CP220-virus asociados a salud) Posteriormente, se realizó PCR convencional para identificar dichos microorganismos en nuevas muestras de tejido tumoral de 36 pacientes con diagnóstico de CECO. Se realizaron análisis cualitativos, cuantitativos y estadístico con la prueba X2 para determinar diferencias estadísticamente significativas entre la presencia de estos microorganismos y características sociodemográficas. Resultados. Mbb, Ca alvus, Cp220, kc5a fueron positivos en 8%, 25%, 42% y 36%, con una concentración media de 43735, 324.9, 44.03 y 33.68 respectivamente. Mbb y Ca alvus mostraron diferencias estadísticamente significativas frente al sexo oral (p: 0.0431) y reflujo gastroesofágico (p: 0.04965) respectivamente. Conclusión: Arquea y virus candidatos de enfermedad tuvieron una frecuencia del 8% y 36% respectivamente. mientras que la arquea y virus relacionados con salud presentaron frecuencia de 25% y 42 %. |
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, “Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores”, los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2García Robayo, Dabeiba AdrianaBernal Vélez, Camilo JavierGarcia Robayo, Dabeiba AdrianaBernal Vélez, Camilo JavierGarcía Quiñones, Malory DanielaHernández Sánchez, PaolaTéllez Corral, Mayra AlexandraBustillo Rojas, Jairo AlbertoColombiaCundinamarca (Colombia)Bogotá, D.C. (Bogotá, Colombia)Bogotá (Colombia)2019-12-10T16:12:56Z2020-04-15T14:08:09Z2019-12-10T16:12:56Z2020-04-15T14:08:09Z2019-12-05http://hdl.handle.net/10554/46152instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coAntecedentes: La cavidad oral alberga diversos microorganismos (arqueas, hongos bacterias y virus) constituyentes del microbiota oral; su estudio ha establecido que su disbiosis está relacionada con enfermedades como el Carcinoma Escamocelular Oral (CECO). Gracias a la secuenciación de última generación (NGS) se ha podido estudiar a fondo esta microbiota, pero en CECO, su descripción es escasa. Aunque se han identificado virus y arqueas relacionados con cáncer en otros sitios anatómicos no se ha determinado su presencia de manera diferencial en múltiples microambientes orales, que incluya muestras de pacientes con CEOC. Objetivo: Identificar presencia de virus y arqueas presentes en muestras de pacientes con cáncer oral. Métodos: Estudio observacional descriptivo. En muestras de saliva, placa, tumor de 10 pacientes con CECO. saliva y placa de 10 controles, se realizó NGS. A partir de los datos obtenidos se seleccionaron cuatro microorganismos de interés (Methanobrevibacter sp AbM4-arquea y Lactobacillus phague KC5a-virus asociados a enfermedad y Candidatus Methanomethylophilus alvus-arquea, Campylobacter CP220-virus asociados a salud) Posteriormente, se realizó PCR convencional para identificar dichos microorganismos en nuevas muestras de tejido tumoral de 36 pacientes con diagnóstico de CECO. Se realizaron análisis cualitativos, cuantitativos y estadístico con la prueba X2 para determinar diferencias estadísticamente significativas entre la presencia de estos microorganismos y características sociodemográficas. Resultados. Mbb, Ca alvus, Cp220, kc5a fueron positivos en 8%, 25%, 42% y 36%, con una concentración media de 43735, 324.9, 44.03 y 33.68 respectivamente. Mbb y Ca alvus mostraron diferencias estadísticamente significativas frente al sexo oral (p: 0.0431) y reflujo gastroesofágico (p: 0.04965) respectivamente. Conclusión: Arquea y virus candidatos de enfermedad tuvieron una frecuencia del 8% y 36% respectivamente. mientras que la arquea y virus relacionados con salud presentaron frecuencia de 25% y 42 %.Vicerrectoría AcadémicaBackground: The oral cavity harbors various microorganisms (archaea, fungal bacteria and viruses) constituents of the oral microbiota; His study has established that his dysbiosis is related to diseases such as Oral Squamous Cell Carcinoma (CECO). Thanks to the latest generation sequencing (NGS) it has been possible to study this microbiota in depth, but in CECO, its description is scarce. Although cancer-related viruses and archaea have been identified in other anatomical sites, their presence has not been differentially determined in multiple oral microenvironments, which includes samples from patients with CEOC. Objective: To identify the presence of viruses and archaea present in samples of patients with oral cancer. Methods: Descriptive observational study. In samples of saliva, plaque, tumor of 10 patients with CECO. Saliva and 10 controls plate, NGS was performed. From the data obtained, four microorganisms of interest were selected (Methanobrevibacter sp AbM4-arquea and Lactobacillus phague KC5a-virus associated with disease and Candidatus Methanomethylophilus alvus-arquea, Campylobacter CP220-virus associated with health) Subsequently, conventional PCR was performed to identify these microorganisms in new samples of tumor tissue from 36 patients diagnosed with CECO. Qualitative, quantitative and statistical analyzes were performed with the X2 test to determine statistically significant differences between the presence of these microorganisms and sociodemographic characteristics. Results: Mbb, Ca alvus, Cp220, kc5a were positive in 8%, 25%, 42% and 36%, with an average concentration of 43735, 324.9, 44.03 and 33.68 respectively. Mbb and Ca alvus showed statistically significant differences compared to oral sex (p: 0.0431) and gastroesophageal reflux (p: 0.04965) respectively. Conclusion: Archaea and virus disease candidates had a frequency of 8% and 36% respectively. while archaea and health-related viruses presented a frequency of 25% and 42%.Especialista en Patología y Cirugía BucalEspecializaciónPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaEspecialización en Patología y Cirugía BucalFacultad de OdontologíaArqueaEnfermedadSaludVirusCarcinomaEscamocelularOralArchaeaDiseaseHealthVirusOralSquamousCellCarcinomaEspecialización en patología y cirugía bucal - Tesis y disertaciones académicasNeoplasias de la bocaNeoplasias de la boca - DiagnósticoDetección de arqueas y virus presentes en pacientes con cáncer oral a partir de análisis metagenómicosDetection of archaea and viruses present in patients with oral cancer through metagenomic analysisTesis/Trabajo de grado - Monografía - Especializaciónhttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisORIGINALarqueas virus cancer trabajo.pdfDocumentoapplication/pdf772519http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/46152/1/arqueas%20virus%20cancer%20%20trabajo.pdf6e689efdf7a576e651d060b6f45aa3afMD51open accesscarta autorizacion autores.pdfLicencia de usoapplication/pdf4758142http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/46152/2/carta%20autorizacion%20autores.pdf618cf6e479c911ece147f11a88508e27MD52metadata only accessLICENSElicense.txttext/plain2603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/46152/3/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD53open accessTHUMBNAILarqueas virus cancer trabajo.pdf.jpgarqueas virus cancer trabajo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg6918http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/46152/4/arqueas%20virus%20cancer%20%20trabajo.pdf.jpgfc4b028d534ea7c17c3e29c28f31bdd7MD54open accesscarta autorizacion autores.pdf.jpgcarta autorizacion autores.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg8401http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/46152/5/carta%20autorizacion%20autores.pdf.jpg6fd438f1ab15b661035dfb53ce421a4dMD55open access10554/46152oai:repository.javeriana.edu.co:10554/461522022-05-03 09:32:24.83Repositorio Institucional - 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