Estudio de metabolitos secundarios presentes en Ilex guayusa, Ilex paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima y Passiflora tarminiana y su posible efecto sobre Helicobacter pylori. Análisis bibliográfico y computacional

Helicobacter pylori es un patógeno bacteriano humano quizá el más común en el mundo presentando una prevalencia superior al 60 %. Las áreas que reportan mayor afectación por este agente patógeno son regiones geográficas en vía de desarrollo tales como África, que reporta 79,1 % de prevalencia, y en...

Full description

Autores:
García Molano, Lina María
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2020
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana
Repositorio:
Repositorio Universidad Javeriana
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/52185
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/10554/52185
Palabra clave:
Helicobacter pylori, ureasa, anhidrasa carbónica, BabA, HpDdl, cáncer, acoplamiento molecular.
Helicobacter pylori, urease, carbonic anhydrase, BabA, HpDdl, cancer, molecular docking
Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas
Helicobacter pylori
Extractos vegetales
Passiflora
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openAccess
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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description Helicobacter pylori es un patógeno bacteriano humano quizá el más común en el mundo presentando una prevalencia superior al 60 %. Las áreas que reportan mayor afectación por este agente patógeno son regiones geográficas en vía de desarrollo tales como África, que reporta 79,1 % de prevalencia, y en segundo lugar se posiciona América latina con 63,4 %. Este microorganismo es responsable de inducir ulceras gástricas; se relaciona además con gastritis y cáncer gástrico. Se estima que de cada 10 personas que se infectan, solo 2 sufren la enfermedad y 8 nunca la desarrollan, puesto que el desarrollo de la enfermedad está fuertemente ligada a la susceptibilidad genética del hospedero, como también a los factores de virulencia y ambiente donde se encuentre la cepa infectante. En Colombia, este agente patógeno se considera como el primer responsable de la muerte relacionada a cáncer gástrico de la población masculina y la tercera causa en la población femenina, según datos del Instituto Nacional de Cancerología. A diferencia de otros microorganismos, H. pylori posee diversos nichos de crecimiento, por lo que se hace cada vez más complejo el uso de antibióticos para su erradicación. En consecuencia, los múltiples factores que obstaculizan la erradicación de esta infección hacen necesaria la implementación de alternativas que puedan dar una solución eficaz a la problemática que día a día se intensifica, siendo que la Agencia Internacional para la Investigación en Cáncer (IARC) ha considerado a H. pylori como un agente biológico carcinógeno de tipo I. Los enfoques etnomédicos y etnofarmacológicos han sido un aporte valioso en la búsqueda de agente bioactivos en diversos sistemas de medicina tradicional alrededor del mundo. El uso de plantas medicinales ha sido una práctica milenaria, especialmente combatiendo enfermedades infecciosas de diferente naturaleza, diversos estudios reportan la actividad antimicrobiana que poseen ciertos compuestos derivados de especies vegetales donde también se incluyen reportes sobre los efectos inhibitorios de múltiples fitocompuestos sobre H. pylori. En este estudio se realizó un análisis de la literatura de moléculas extraídas de plantas, en particular de las especies Ilex guayusa, I. paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima y P. tarminiana, ya que estudios recientes han demostrado la actividad de estos compuestos como potentes inhibidores de H. pylori, convirtiéndose en un blanco de estudio las moléculas extraídas de estas especies vegetales ampliamente usadas en la medicina tradicional. A partir de esta investigación, se obtuvieron las estructuras cristalinas de las proteínas reportadas como los blancos más importantes para la inhibición del patógeno. Después de realizar la optimización estructural de los ligandos y las proteínas elegidas, se desarrolló un estudio de acoplamiento molecular usando el programa AutoDock Vina. En primer lugar, se reportaron 17 compuestos los cuales se clasifican en flavonoides (13), ácidos fenólicos (3), metilxantinas (3), taninos (3) y saponinas (1). Por otro lado, a partir de un análisis bibliográfico se establecieron las estructuras involucradas con los principales mecanismos asociados a factores de virulencia de H. pylori, siendo que las principales estructuras que han sido reportadas a la fecha con mayor relevancia en los mecanismos mencionados, son dos metaloenzimas (Ureasa y Anhidrasa carbónica) involucradas en la neutralización del medio asegurando la supervivencia de la bacteria en el hospedero, BabA involucrada en los mecanismos de adhesión del patógeno y HpDdl relacionada con la síntesis de peptidoglicanos. Ante lo expuesto preliminarmente, mediante herramientas computacionales se optimizaron las estructuras de las proteínas seleccionadas a interaccionar con los ligandos reportados, posterior a esto se realizó el acoplamiento molecular con el fin de predecir la interacción proteína-ligando de los objetos de estudios. Se encontraron valores negativos de energía de unión de la totalidad de los ligandos con el sitio activo de cada una de las proteínas evaluadas, sin embargo, los metabolitos secundarios que destacaron debido a su alto potencial de afinidad con las estructuras evaluadas fueron los compuestos de tipo flavonoides y saponósidos. Con los resultados de este trabajo se soporta la hipótesis de una posible inhibición de múltiples mecanismos de virulencia de H. pylori haciendo uso de los compuestos estudiados provenientes de extractos de las especies vegetales Ilex guayusa, I. paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima y P. tarminiana, debido al alto contenido de flavonoides y saponinas que se reporta en estas especies. Sin embargo, el uso de herramientas computacionales proporciona una aproximación de la posible interacción entre ligandos y proteínas, no obstante, estos datos deben ser corroborados mediante estudios experimentales.
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spelling Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Rodríguez López, Edwin AlexanderGarcía Molano, Lina MaríaGonzález, JanethPontificia Universidad JaverianaColombia2008-20202021-01-20T00:09:00Z2021-01-20T00:09:00Z2020-12-09http://hdl.handle.net/10554/52185instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coHelicobacter pylori es un patógeno bacteriano humano quizá el más común en el mundo presentando una prevalencia superior al 60 %. Las áreas que reportan mayor afectación por este agente patógeno son regiones geográficas en vía de desarrollo tales como África, que reporta 79,1 % de prevalencia, y en segundo lugar se posiciona América latina con 63,4 %. Este microorganismo es responsable de inducir ulceras gástricas; se relaciona además con gastritis y cáncer gástrico. Se estima que de cada 10 personas que se infectan, solo 2 sufren la enfermedad y 8 nunca la desarrollan, puesto que el desarrollo de la enfermedad está fuertemente ligada a la susceptibilidad genética del hospedero, como también a los factores de virulencia y ambiente donde se encuentre la cepa infectante. En Colombia, este agente patógeno se considera como el primer responsable de la muerte relacionada a cáncer gástrico de la población masculina y la tercera causa en la población femenina, según datos del Instituto Nacional de Cancerología. A diferencia de otros microorganismos, H. pylori posee diversos nichos de crecimiento, por lo que se hace cada vez más complejo el uso de antibióticos para su erradicación. En consecuencia, los múltiples factores que obstaculizan la erradicación de esta infección hacen necesaria la implementación de alternativas que puedan dar una solución eficaz a la problemática que día a día se intensifica, siendo que la Agencia Internacional para la Investigación en Cáncer (IARC) ha considerado a H. pylori como un agente biológico carcinógeno de tipo I. Los enfoques etnomédicos y etnofarmacológicos han sido un aporte valioso en la búsqueda de agente bioactivos en diversos sistemas de medicina tradicional alrededor del mundo. El uso de plantas medicinales ha sido una práctica milenaria, especialmente combatiendo enfermedades infecciosas de diferente naturaleza, diversos estudios reportan la actividad antimicrobiana que poseen ciertos compuestos derivados de especies vegetales donde también se incluyen reportes sobre los efectos inhibitorios de múltiples fitocompuestos sobre H. pylori. En este estudio se realizó un análisis de la literatura de moléculas extraídas de plantas, en particular de las especies Ilex guayusa, I. paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima y P. tarminiana, ya que estudios recientes han demostrado la actividad de estos compuestos como potentes inhibidores de H. pylori, convirtiéndose en un blanco de estudio las moléculas extraídas de estas especies vegetales ampliamente usadas en la medicina tradicional. A partir de esta investigación, se obtuvieron las estructuras cristalinas de las proteínas reportadas como los blancos más importantes para la inhibición del patógeno. Después de realizar la optimización estructural de los ligandos y las proteínas elegidas, se desarrolló un estudio de acoplamiento molecular usando el programa AutoDock Vina. En primer lugar, se reportaron 17 compuestos los cuales se clasifican en flavonoides (13), ácidos fenólicos (3), metilxantinas (3), taninos (3) y saponinas (1). Por otro lado, a partir de un análisis bibliográfico se establecieron las estructuras involucradas con los principales mecanismos asociados a factores de virulencia de H. pylori, siendo que las principales estructuras que han sido reportadas a la fecha con mayor relevancia en los mecanismos mencionados, son dos metaloenzimas (Ureasa y Anhidrasa carbónica) involucradas en la neutralización del medio asegurando la supervivencia de la bacteria en el hospedero, BabA involucrada en los mecanismos de adhesión del patógeno y HpDdl relacionada con la síntesis de peptidoglicanos. Ante lo expuesto preliminarmente, mediante herramientas computacionales se optimizaron las estructuras de las proteínas seleccionadas a interaccionar con los ligandos reportados, posterior a esto se realizó el acoplamiento molecular con el fin de predecir la interacción proteína-ligando de los objetos de estudios. Se encontraron valores negativos de energía de unión de la totalidad de los ligandos con el sitio activo de cada una de las proteínas evaluadas, sin embargo, los metabolitos secundarios que destacaron debido a su alto potencial de afinidad con las estructuras evaluadas fueron los compuestos de tipo flavonoides y saponósidos. Con los resultados de este trabajo se soporta la hipótesis de una posible inhibición de múltiples mecanismos de virulencia de H. pylori haciendo uso de los compuestos estudiados provenientes de extractos de las especies vegetales Ilex guayusa, I. paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima y P. tarminiana, debido al alto contenido de flavonoides y saponinas que se reporta en estas especies. Sin embargo, el uso de herramientas computacionales proporciona una aproximación de la posible interacción entre ligandos y proteínas, no obstante, estos datos deben ser corroborados mediante estudios experimentales.Helicobacter pylori is a human bacterial pathogen, perhaps the most common in the world, with a prevalence of more than 60%. The areas that report the greatest affectation by this pathogen are geographic regions under development such as Africa, which reports 79.1% prevalence, and South America is in second place with 63.4%. This microorganism is responsible for inducing gastric ulcers; it is also related to gastritis and gastric cancer. It is estimated that of every 10 people who become infected, only 2 suffer from the disease and 8 never develop it, since the development of the disease is strongly linked to the genetic susceptibility of the host, as well as to virulence factors and the environment where it occurs. find the infecting strain. In Colombia, this pathogen is considered the main cause of death related to gastric cancer in the male population and the third cause in the female population, according to data from the National Cancer Institute. Unlike other microorganisms, H. pylori has diverse growth niches, which is why the use of antibiotics for its eradication is becoming increasingly complex. Consequently, the multiple factors that hinder the eradication of this infection necessitate the implementation of alternatives that can provide an effective solution to the problem that is intensifying day by day, and the International Agency for Research on Cancer (IARC) has considered H. pylori as a type I biological carcinogen. Ethnomedical and ethnopharmacological approaches have been a valuable contribution in the search for bioactive agents in various traditional medicine systems around the world. The use of medicinal plants has been a millenary practice, especially combating infectious diseases of different nature, various studies report the antimicrobial activity of certain compounds derived from plant species, where reports on the inhibitory effects of multiple phytocompounds on H. pylori are also included. In this study, an analysis of the literature of molecules extracted from plants was carried out, in particular from the species Ilex guayusa, I. paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima and P. tarminiana, since recent studies have demonstrated the activity of these compounds as potent H. pylori inhibitors, with molecules extracted from these plant species widely used in traditional medicine becoming a target of study. From this investigation, the crystalline structures of the proteins reported as the most important targets for the inhibition of the pathogen were obtained. After structural optimization of the chosen ligands and proteins, a molecular docking study was performed using the AutoDock Vina software. First, 17 compounds were reported, which are classified into flavonoids (13), phenolic acids (3), methylxanthines (3), tannins (3) and saponins (1). On the other hand, based on a bibliographic analysis, the structures associated to the main virulence factors of H. pylori were established, due to this the main structures that have been reported to date with greater relevance in the mechanisms mentioned are two metalloenzymes (urease and carbonic anhydrase) involved in the neutralization of the medium ensuring the survival of the bacteria in the host, BabA involved in the pathogen's adhesion mechanisms and HpDdl related to the synthesis of peptidoglycans. Given the preliminary exposition, by means of bioinformatics tools, the structures of the selected proteins to interact with the reported ligands were optimized, after which the molecular docking was carried out in order to predict the protein-ligand interaction of the study objects. Negative values of binding energy of all the ligands with the active site of each of the proteins evaluated were found, however, the secondary metabolites that stood out due to their high affinity potential with the evaluated structures were the compounds of type flavonoids and saponosides. With the results of this study, the hypothesis of a possible inhibition of multiple mechanisms of virulence of H. pylori is supported by using the compounds studied from extracts of the plant species Ilex guayusa, I. paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima and P. tarminiana, due to the high content of flavonoids and saponins that is reported in these species. However, the use of bioinformatics tools provides an aproximation of the possible interaction between ligands and proteins, however, these data must be corroborated through experimental studies.Microbiólogo (a) IndustrialPregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaMicrobiología IndustrialFacultad de CienciasHelicobacter pylori, ureasa, anhidrasa carbónica, BabA, HpDdl, cáncer, acoplamiento molecular.Helicobacter pylori, urease, carbonic anhydrase, BabA, HpDdl, cancer, molecular dockingMicrobiología industrial - Tesis y disertaciones académicasHelicobacter pyloriExtractos vegetalesPassifloraEstudio de metabolitos secundarios presentes en Ilex guayusa, Ilex paraguariensis, Passiflora tripartita f mollissima y Passiflora tarminiana y su posible efecto sobre Helicobacter pylori. Análisis bibliográfico y computacionalStudy of secondary metabolites present in ilex guayusa, ilex paraguariensis, passiflora tripartita f mollissima and passiflora tarminiana and their possible effect on helicobacter pylori. Bibliographic and computational analysisTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisORIGINALTrabajo de grado-Lina García.pdfTrabajo de grado-Lina García.pdfDocumentoapplication/pdf1730530http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/1/Trabajo%20de%20grado-Lina%20Garc%c3%ada.pdfcb93702878335ef7e6c1efd3ed82fa03MD51open accessCarta Directores.pdfCarta Directores.pdfCarta aprobación directoresapplication/pdf531422http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/2/Carta%20Directores.pdfc42faae96b358e756ebe21ead6e7f169MD52metadata only accessCarta_de_autorizacion.pdfCarta_de_autorizacion.pdfLicencia de usoapplication/pdf274006http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/3/Carta_de_autorizacion.pdf7c41e8a8f9585c430702106b35236bf8MD53metadata only accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/4/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD54open accessTHUMBNAILTrabajo de grado-Lina García.pdf.jpgTrabajo de grado-Lina García.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5506http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/5/Trabajo%20de%20grado-Lina%20Garc%c3%ada.pdf.jpgf991315a70a0e8d6a4727729a083c47eMD55open accessCarta Directores.pdf.jpgCarta Directores.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg7055http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/6/Carta%20Directores.pdf.jpge661503dc39d7ff26baa4781f50d0757MD56open accessCarta_de_autorizacion.pdf.jpgCarta_de_autorizacion.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg7785http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/52185/7/Carta_de_autorizacion.pdf.jpgb1ee48b4b0c2f56d25cedf37ee656671MD57open access10554/52185oai:repository.javeriana.edu.co:10554/521852022-05-03 10:00:47.528Repositorio Institucional - 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