Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris)
El estrés por sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de fríjol común (Phaseolus vulgaris L.) reduciendo el rendimiento del cultivo de forma considerable. En este estudio se diseñaron primers específicos sobre genes putativos de tolerancia a sequía en fríjol común con e...
- Autores:
-
Fernández Sáenz, Andrea Carolina
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2008
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/55390
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/55390
- Palabra clave:
- Sequías
Biología - Tesis y disertaciones académicas
Fríjoles
Sequías
- Rights
- openAccess
- License
- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
id |
JAVERIANA2_1e51b4d51c88bd8187586ce7ffc4a213 |
---|---|
oai_identifier_str |
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/55390 |
network_acronym_str |
JAVERIANA2 |
network_name_str |
Repositorio Universidad Javeriana |
repository_id_str |
|
dc.title.spa.fl_str_mv |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
title |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
spellingShingle |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) Sequías Biología - Tesis y disertaciones académicas Fríjoles Sequías |
title_short |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
title_full |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
title_fullStr |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
title_full_unstemmed |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
title_sort |
Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris) |
dc.creator.fl_str_mv |
Fernández Sáenz, Andrea Carolina |
dc.contributor.advisor.none.fl_str_mv |
Blair, Matthew W. Terán Pérez, Wilson |
dc.contributor.author.none.fl_str_mv |
Fernández Sáenz, Andrea Carolina |
dc.subject.spa.fl_str_mv |
Sequías |
topic |
Sequías Biología - Tesis y disertaciones académicas Fríjoles Sequías |
dc.subject.armarc.spa.fl_str_mv |
Biología - Tesis y disertaciones académicas Fríjoles Sequías |
description |
El estrés por sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de fríjol común (Phaseolus vulgaris L.) reduciendo el rendimiento del cultivo de forma considerable. En este estudio se diseñaron primers específicos sobre genes putativos de tolerancia a sequía en fríjol común con el objetivo de encontrar marcadores moleculares polimórficos asociados a dichos genes. A partir de la revisión de trabajos previos basados en microarreglos génicos, hibridación sustractiva (SSH Suppression Subtractive hybridization) y DDRT-PCR (Differential Display Reverse Transcribe PCR) para búsqueda de genes sobre xpresados en condiciones de sequía en fríjol común, se seleccionaron 120 secuencias EST (Expressed Sequence Tag) que fueron descargadas de la base de datos de NCBI. Un total de 80 pares de primers fueron diseñados y evaluados en 6 parentales de poblaciones genéticas de fríjol común mediante la técnica SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) para detección de SNP (Single Nucleotide Polymorphism). De los 80 marcadores evaluados, 13 marcadores fueron polimórficos en los parentales de las poblaciones BAT93xJALO EEP558 y DOR364xG19833 y 1 marcador fue polimórfico en los parentales de la población para sequia DOR364xBAT477. Por medio de la herramienta BlastX se lograron determinar las proteínas putativas asociadas a los ESTs evaluados en este estudio, encontrando proteínas como Lipoxigenasa, proteína protectora de desecación LEA5, chalcona sintasa, eIF-5A-4 y CPRD14. La proteína CPRD14 ha sido encontrada en caupí (Vigna unguiculata L.) como sobreexpresada en condiciones de sequía en plantas tolerantes. Adicionalmente, se lograron ubicar los marcadores polimórficos dentro de los genes respectivos, encontrando la mayoría dentro del ORF (Open Reading Frame) y solo algunos incluyendo regiones UTR (Untranslated Region). Con el objetivo de identificar posiciones putativas en el mapa genético de fríjol común (mapeo in Silico), se realizaron análisis de sintenia con soya (Glycine max L.), Lotus japonicus R. y Medicago truncatula G. por medio de genómica comparativa. |
publishDate |
2008 |
dc.date.created.none.fl_str_mv |
2008 |
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv |
2021-07-26T13:14:58Z |
dc.date.available.none.fl_str_mv |
2021-07-26T13:14:58Z |
dc.type.local.spa.fl_str_mv |
Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregrado |
dc.type.coar.none.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.type.driver.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/bachelorThesis |
format |
http://purl.org/coar/resource_type/c_7a1f |
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv |
http://hdl.handle.net/10554/55390 |
dc.identifier.instname.spa.fl_str_mv |
instname:Pontificia Universidad Javeriana |
dc.identifier.reponame.spa.fl_str_mv |
reponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana |
dc.identifier.repourl.spa.fl_str_mv |
repourl:https://repository.javeriana.edu.co |
url |
http://hdl.handle.net/10554/55390 |
identifier_str_mv |
instname:Pontificia Universidad Javeriana reponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana repourl:https://repository.javeriana.edu.co |
dc.language.iso.spa.fl_str_mv |
spa |
language |
spa |
dc.rights.licence.*.fl_str_mv |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional |
dc.rights.uri.*.fl_str_mv |
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ |
dc.rights.accessrights.none.fl_str_mv |
info:eu-repo/semantics/openAccess |
dc.rights.coar.spa.fl_str_mv |
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
rights_invalid_str_mv |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ http://purl.org/coar/access_right/c_abf2 |
eu_rights_str_mv |
openAccess |
dc.format.spa.fl_str_mv |
PDF |
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv |
application/pdf |
dc.publisher.spa.fl_str_mv |
Pontificia Universidad Javeriana |
dc.publisher.program.spa.fl_str_mv |
Biología |
dc.publisher.faculty.spa.fl_str_mv |
Facultad de Ciencias |
institution |
Pontificia Universidad Javeriana |
bitstream.url.fl_str_mv |
http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/1/FernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdf http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/2/Licencia%20de%20uso.pdf http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/3/license.txt http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/4/FernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdf.jpg http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/5/Licencia%20de%20uso.pdf.jpg |
bitstream.checksum.fl_str_mv |
5e2ce358970c777c3de428bdc253f256 f650cd2b6e92f540694c21603154201b 2070d280cc89439d983d9eee1b17df53 06f2bcce013d96afb47ddb1c58a964dc bddb1961e4f1be14953d450602c59373 |
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv |
MD5 MD5 MD5 MD5 MD5 |
repository.name.fl_str_mv |
Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javeriana |
repository.mail.fl_str_mv |
repositorio@javeriana.edu.co |
_version_ |
1811671019749900288 |
spelling |
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Blair, Matthew W.Terán Pérez, WilsonFernández Sáenz, Andrea Carolina2021-07-26T13:14:58Z2021-07-26T13:14:58Z2008http://hdl.handle.net/10554/55390instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coEl estrés por sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de fríjol común (Phaseolus vulgaris L.) reduciendo el rendimiento del cultivo de forma considerable. En este estudio se diseñaron primers específicos sobre genes putativos de tolerancia a sequía en fríjol común con el objetivo de encontrar marcadores moleculares polimórficos asociados a dichos genes. A partir de la revisión de trabajos previos basados en microarreglos génicos, hibridación sustractiva (SSH Suppression Subtractive hybridization) y DDRT-PCR (Differential Display Reverse Transcribe PCR) para búsqueda de genes sobre xpresados en condiciones de sequía en fríjol común, se seleccionaron 120 secuencias EST (Expressed Sequence Tag) que fueron descargadas de la base de datos de NCBI. Un total de 80 pares de primers fueron diseñados y evaluados en 6 parentales de poblaciones genéticas de fríjol común mediante la técnica SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) para detección de SNP (Single Nucleotide Polymorphism). De los 80 marcadores evaluados, 13 marcadores fueron polimórficos en los parentales de las poblaciones BAT93xJALO EEP558 y DOR364xG19833 y 1 marcador fue polimórfico en los parentales de la población para sequia DOR364xBAT477. Por medio de la herramienta BlastX se lograron determinar las proteínas putativas asociadas a los ESTs evaluados en este estudio, encontrando proteínas como Lipoxigenasa, proteína protectora de desecación LEA5, chalcona sintasa, eIF-5A-4 y CPRD14. La proteína CPRD14 ha sido encontrada en caupí (Vigna unguiculata L.) como sobreexpresada en condiciones de sequía en plantas tolerantes. Adicionalmente, se lograron ubicar los marcadores polimórficos dentro de los genes respectivos, encontrando la mayoría dentro del ORF (Open Reading Frame) y solo algunos incluyendo regiones UTR (Untranslated Region). Con el objetivo de identificar posiciones putativas en el mapa genético de fríjol común (mapeo in Silico), se realizaron análisis de sintenia con soya (Glycine max L.), Lotus japonicus R. y Medicago truncatula G. por medio de genómica comparativa.Biólogo (a)PregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaBiologíaFacultad de CienciasSequíasBiología - Tesis y disertaciones académicasFríjolesSequíasIdentificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris)Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisORIGINALFernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdfFernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdfDocumentoapplication/pdf3560570http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/1/FernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdf5e2ce358970c777c3de428bdc253f256MD51open accessLicencia de uso.pdfLicencia de uso.pdfLicencia de usoapplication/pdf226615http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/2/Licencia%20de%20uso.pdff650cd2b6e92f540694c21603154201bMD52metadata only accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/3/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD53open accessTHUMBNAILFernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdf.jpgFernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg4035http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/4/FernandezSaenzAndreaCarolina2009.pdf.jpg06f2bcce013d96afb47ddb1c58a964dcMD54open accessLicencia de uso.pdf.jpgLicencia de uso.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg6626http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/55390/5/Licencia%20de%20uso.pdf.jpgbddb1961e4f1be14953d450602c59373MD55open access10554/55390oai:repository.javeriana.edu.co:10554/553902022-05-03 10:35:54.159Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepositorio@javeriana.edu.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 |