Identificación de marcadores moleculares SNP basados en genes de tolerancia a la sequía en fríjol común (phaseolus vulgaris)

El estrés por sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de fríjol común (Phaseolus vulgaris L.) reduciendo el rendimiento del cultivo de forma considerable. En este estudio se diseñaron primers específicos sobre genes putativos de tolerancia a sequía en fríjol común con e...

Full description

Autores:
Fernández Sáenz, Andrea Carolina
Tipo de recurso:
Trabajo de grado de pregrado
Fecha de publicación:
2008
Institución:
Pontificia Universidad Javeriana
Repositorio:
Repositorio Universidad Javeriana
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repository.javeriana.edu.co:10554/55390
Acceso en línea:
http://hdl.handle.net/10554/55390
Palabra clave:
Sequías
Biología - Tesis y disertaciones académicas
Fríjoles
Sequías
Rights
openAccess
License
Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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description El estrés por sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de fríjol común (Phaseolus vulgaris L.) reduciendo el rendimiento del cultivo de forma considerable. En este estudio se diseñaron primers específicos sobre genes putativos de tolerancia a sequía en fríjol común con el objetivo de encontrar marcadores moleculares polimórficos asociados a dichos genes. A partir de la revisión de trabajos previos basados en microarreglos génicos, hibridación sustractiva (SSH Suppression Subtractive hybridization) y DDRT-PCR (Differential Display Reverse Transcribe PCR) para búsqueda de genes sobre xpresados en condiciones de sequía en fríjol común, se seleccionaron 120 secuencias EST (Expressed Sequence Tag) que fueron descargadas de la base de datos de NCBI. Un total de 80 pares de primers fueron diseñados y evaluados en 6 parentales de poblaciones genéticas de fríjol común mediante la técnica SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) para detección de SNP (Single Nucleotide Polymorphism). De los 80 marcadores evaluados, 13 marcadores fueron polimórficos en los parentales de las poblaciones BAT93xJALO EEP558 y DOR364xG19833 y 1 marcador fue polimórfico en los parentales de la población para sequia DOR364xBAT477. Por medio de la herramienta BlastX se lograron determinar las proteínas putativas asociadas a los ESTs evaluados en este estudio, encontrando proteínas como Lipoxigenasa, proteína protectora de desecación LEA5, chalcona sintasa, eIF-5A-4 y CPRD14. La proteína CPRD14 ha sido encontrada en caupí (Vigna unguiculata L.) como sobreexpresada en condiciones de sequía en plantas tolerantes. Adicionalmente, se lograron ubicar los marcadores polimórficos dentro de los genes respectivos, encontrando la mayoría dentro del ORF (Open Reading Frame) y solo algunos incluyendo regiones UTR (Untranslated Region). Con el objetivo de identificar posiciones putativas en el mapa genético de fríjol común (mapeo in Silico), se realizaron análisis de sintenia con soya (Glycine max L.), Lotus japonicus R. y Medicago truncatula G. por medio de genómica comparativa.
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spelling Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Blair, Matthew W.Terán Pérez, WilsonFernández Sáenz, Andrea Carolina2021-07-26T13:14:58Z2021-07-26T13:14:58Z2008http://hdl.handle.net/10554/55390instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coEl estrés por sequía es uno de los principales factores limitantes en la producción de fríjol común (Phaseolus vulgaris L.) reduciendo el rendimiento del cultivo de forma considerable. En este estudio se diseñaron primers específicos sobre genes putativos de tolerancia a sequía en fríjol común con el objetivo de encontrar marcadores moleculares polimórficos asociados a dichos genes. A partir de la revisión de trabajos previos basados en microarreglos génicos, hibridación sustractiva (SSH Suppression Subtractive hybridization) y DDRT-PCR (Differential Display Reverse Transcribe PCR) para búsqueda de genes sobre xpresados en condiciones de sequía en fríjol común, se seleccionaron 120 secuencias EST (Expressed Sequence Tag) que fueron descargadas de la base de datos de NCBI. Un total de 80 pares de primers fueron diseñados y evaluados en 6 parentales de poblaciones genéticas de fríjol común mediante la técnica SSCP (Single Strand Conformation Polymorphism) para detección de SNP (Single Nucleotide Polymorphism). De los 80 marcadores evaluados, 13 marcadores fueron polimórficos en los parentales de las poblaciones BAT93xJALO EEP558 y DOR364xG19833 y 1 marcador fue polimórfico en los parentales de la población para sequia DOR364xBAT477. 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