Estandarización de la extracción de ADN y la amplificación y visualización de cuatro marcadores moleculares (ADNmt (ATP8, 16S, NADH-5) y ADNnu (AMY)) para estudios genéticos de felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi)
Se estandarizaron los protocolos para la extracción de ADN y para la amplificación y electroforesis de los marcadores mitocondriales (ADNmt: ATP8, 16S, NADH-5) y nuclear (ADNnu: AMY) para felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi). Se utilizaron 94 muestras y 38 extraídos prep...
- Autores:
-
Vega González, Javier Darío
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2022
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/59893
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/59893
- Palabra clave:
- Leopardus spp.
Extracción de ADN
Amplificación de fragmentos
PCR
Electroforesis
Sexaje molecular
ATP8
Leopardus spp.
DNA extraction
Fragment amplification
PCR
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Biología - Tesis y disertaciones académicas
Leopardos
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Standardization of DNA extraction and amplification and visualization of four molecular markers (mtDNA (ATP8, 16S, NADH-5) and nuDNA (AMY)) for genetic studies of Neotropical felids (Leopardus spp. and Herpailurus yagouaroundi) |
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Estandarización de la extracción de ADN y la amplificación y visualización de cuatro marcadores moleculares (ADNmt (ATP8, 16S, NADH-5) y ADNnu (AMY)) para estudios genéticos de felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi) |
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Estandarización de la extracción de ADN y la amplificación y visualización de cuatro marcadores moleculares (ADNmt (ATP8, 16S, NADH-5) y ADNnu (AMY)) para estudios genéticos de felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi) |
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Se estandarizaron los protocolos para la extracción de ADN y para la amplificación y electroforesis de los marcadores mitocondriales (ADNmt: ATP8, 16S, NADH-5) y nuclear (ADNnu: AMY) para felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi). Se utilizaron 94 muestras y 38 extraídos preparados previamente con correspondencia geográfica desde Nicaragua hasta Argentina. Se validaron los métodos de extracción orgánica Fenol-Cloroformo, inorgánica Chelex-100 y con Kit. Se encontró Fenol-cloroformo produjo extraídos de ADN de buena calidad y concentración, los cuales también amplificaron adecuadamente. Por otra parte, se estandarizaron las condiciones de PCR para 16S, la concentración tanto de ADN como de bromuro de etidio para la visualización y se validaron condiciones de PCR previamente reportadas para amplificar ATP8, NADH-5 y AMY. Se obtuvo 53 amplificados de los marcadores mitocondriales para 6 especies de Leopardus (L. colocolo, L. jacobita y L. geoffroyi., L. pardalis, L. tigrinus y L. wiedii) y dos de AMY, en los que se pudo determinar el sexo de individuos de L. pardalis y L. geoffroyi en gel de agarosa sin necesidad de recurrir a los de poliacrilamida. |
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, "Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores", los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Pinedo Castro, Myreya OmayraVega González, Javier DaríoInfante González, John NelsonArgentinaBoliviaBrasilChileColombiaEcuadorParaguayPerúUruguayVenezuela2022-05-31T12:41:57Z2022-05-31T12:41:57Z2022-05-26http://hdl.handle.net/10554/59893instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coSe estandarizaron los protocolos para la extracción de ADN y para la amplificación y electroforesis de los marcadores mitocondriales (ADNmt: ATP8, 16S, NADH-5) y nuclear (ADNnu: AMY) para felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi). Se utilizaron 94 muestras y 38 extraídos preparados previamente con correspondencia geográfica desde Nicaragua hasta Argentina. Se validaron los métodos de extracción orgánica Fenol-Cloroformo, inorgánica Chelex-100 y con Kit. Se encontró Fenol-cloroformo produjo extraídos de ADN de buena calidad y concentración, los cuales también amplificaron adecuadamente. Por otra parte, se estandarizaron las condiciones de PCR para 16S, la concentración tanto de ADN como de bromuro de etidio para la visualización y se validaron condiciones de PCR previamente reportadas para amplificar ATP8, NADH-5 y AMY. Se obtuvo 53 amplificados de los marcadores mitocondriales para 6 especies de Leopardus (L. colocolo, L. jacobita y L. geoffroyi., L. pardalis, L. tigrinus y L. wiedii) y dos de AMY, en los que se pudo determinar el sexo de individuos de L. pardalis y L. geoffroyi en gel de agarosa sin necesidad de recurrir a los de poliacrilamida.Protocols for DNA extraction and for amplification and electrophoresis of mitochondrial markers (mtDNA: ATP8, 16S, NADH-5) and nuclear (NDNA: AMY) were standardized for neotropical felines (Leopardus spp. and Herpailurus yagouaroundi). We used 94 samples and 38 extracts previously prepared with geographical correspondence from Nicaragua to Argentina. The methods of organic extraction Phenol-Chloroform, inorganic Chelex-100 and with Kit were validated. Phenol-chloroform was found to produce extracted DNA of good quality and concentration, which they also amplified adequately. On the other hand, the PCR conditions for 16S, the concentration of both DNA and ethydium bromide for visualization were standardized and previously reported PCR conditions were validated to amplify ATP8, NADH-5 and AMY. We obtained 53 amplified mitochondrial markers for 6 species of Leopardus (L. colocolo, L. jacobita and L. geoffroyi., L. pardalis, L. tigrinus and L. wiedii) and two of AMY, in which it was possible to determine the sex of individuals of L. pardalis and L. geoffroyi in agarose gel without the need to resort to polyacrylamide.Biólogo (a)PregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaBiologíaFacultad de CienciasLeopardus spp.Extracción de ADNAmplificación de fragmentosPCRElectroforesisSexaje molecularATP8Leopardus spp.DNA extractionFragment amplificationPCRMolecular sexingATP8Biología - Tesis y disertaciones académicasLeopardosElectroforesisMarcadores genéticosEstandarización de la extracción de ADN y la amplificación y visualización de cuatro marcadores moleculares (ADNmt (ATP8, 16S, NADH-5) y ADNnu (AMY)) para estudios genéticos de felinos neotropicales (Leopardus spp. y Herpailurus yagouaroundi)Standardization of DNA extraction and amplification and visualization of four molecular markers (mtDNA (ATP8, 16S, NADH-5) and nuDNA (AMY)) for genetic studies of Neotropical felids (Leopardus spp. and Herpailurus yagouaroundi)Tesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisORIGINALInforme Final Trabajo de Grado Javier Darío Vega González[9286].pdfInforme Final Trabajo de Grado Javier Darío Vega González[9286].pdfDocumentoapplication/pdf790900http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/1/Informe%20Final%20Trabajo%20de%20Grado%20Javier%20Dar%c3%ado%20Vega%20Gonz%c3%a1lez%5b9286%5d.pdf86b28a3ca38892943aa42ddf2527357cMD51open accessCarta firmas directores jurados trabajo de grado Javier Vega.pdfCarta firmas directores jurados trabajo de grado Javier Vega.pdfCarta de aprobación Director(es)application/pdf573432http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/2/Carta%20firmas%20directores%20jurados%20trabajo%20de%20grado%20Javier%20Vega.pdf82dec72d9af73816498ea82ccbe222eaMD52metadata only accessCarta_de_autorizacion.pdfCarta_de_autorizacion.pdfLicencia de usoapplication/pdf174445http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/3/Carta_de_autorizacion.pdff2d3ff0236bd4e2abbda52f25e5dd7dbMD53metadata only accessLICENSElicense.txtlicense.txttext/plain; charset=utf-82603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/4/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD54open accessTHUMBNAILInforme Final Trabajo de Grado Javier Darío Vega González[9286].pdf.jpgInforme Final Trabajo de Grado Javier Darío Vega González[9286].pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg9797http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/5/Informe%20Final%20Trabajo%20de%20Grado%20Javier%20Dar%c3%ado%20Vega%20Gonz%c3%a1lez%5b9286%5d.pdf.jpg3ae7481b20102a56fd45c67b199db3d3MD55open accessCarta firmas directores jurados trabajo de grado Javier Vega.pdf.jpgCarta firmas directores jurados trabajo de grado Javier Vega.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg6217http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/6/Carta%20firmas%20directores%20jurados%20trabajo%20de%20grado%20Javier%20Vega.pdf.jpg232ae4ca3a1712830c9517891278eac6MD56open accessCarta_de_autorizacion.pdf.jpgCarta_de_autorizacion.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg7727http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/59893/7/Carta_de_autorizacion.pdf.jpg307995885416d6f379c81b82954b7dd3MD57open access10554/59893oai:repository.javeriana.edu.co:10554/598932022-06-03 03:05:23.156Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepositorio@javeriana.edu.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 |