Modelamiento de la red metabólica de Pseudomonas aeruginosa PAO1 para la síntesis biológica de Fenazina-1-Carboxilato
La Fenazina-1-carboxilato es una molécula producida por cepas de Pseudomonas aeruginosa que tiene alta relevancia para el sector agrícola debido a su capacidad de inhibir el crecimiento de diversos hongos fitopatogenos. En el presente trabajo se modeló la red metabólica de Pseudomonas aeruginosa PAO...
- Autores:
-
Martinez Guarnizo, Julian Camilo
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2019
- Institución:
- Pontificia Universidad Javeriana
- Repositorio:
- Repositorio Universidad Javeriana
- Idioma:
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- OAI Identifier:
- oai:repository.javeriana.edu.co:10554/43140
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10554/43140
- Palabra clave:
- Fenazina-1-Carboxilato
Pseudomonas aeruginosa PAO1
FBA
DFBA
Phenazine-1-Carboxylic acid
Pseudomonas aeruginosa PAO1
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Microbiología industrial - Tesis y disertaciones académicas
Pseudomonas aeruginosa
Síntesis microbiológica
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- Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional
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La Fenazina-1-carboxilato es una molécula producida por cepas de Pseudomonas aeruginosa que tiene alta relevancia para el sector agrícola debido a su capacidad de inhibir el crecimiento de diversos hongos fitopatogenos. En el presente trabajo se modeló la red metabólica de Pseudomonas aeruginosa PAO1 bajo la aproximación de análisis de balance de flujo en estado estacionario (FBA) y en estado dinámico (DFBA), con en fin de simular la producción de fenazina-1-carboxilato en este este organismo. Los resultados obtenidos simulan el metabolismo para la producción de biomasa en Pseudomonas aeruginosa PAO1, así como la biosíntesis de PCA en estado estacionario, ya que se observó que las reacciones de síntesis de pared celular, síntesis de aminoácidos, síntesis de cofactores, síntesis de grupos prostéticos, síntesis de transportadores de electrones, las reacciones del metabolismo central y las reacciones de biosíntesis de PCA estaban activas. También se simuló la producción de biomasa y la biosíntesis de PCA en Pseudomonas aeruginosa PAO1 en estado dinámico, con lo cual se obtuvo el perfil de concentración de biomasa y los perfiles de concentración de nutrientes tales como glucosa y sulfato, evidenciándose que la reacción de síntesis de PCA estaba activa pero no había presencia de un perfil de concentración de PCA extracelular. Lo que concuerda con los resultados obtenidos en estado estacionario donde no se observaron eventos en los que PCA fuera exportado al espacio extracelular. De acuerdo con los resultados obtenidos en este trabajo, se hace necesario realizar estudios posteriores a nivel in vitro e in silico, que permitan determinar el mecanismo biológico en el que la fenazina-1-carboxilato es exportada al medio extracelular, para así bajo la aproximación del Análisis de Balance de Flujo proponer alternativas que permitan mejorar la producción de este metabolito a escala industrial. |
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Atribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacionalhttp://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessDe acuerdo con la naturaleza del uso concedido, la presente licencia parcial se otorga a título gratuito por el máximo tiempo legal colombiano, con el propósito de que en dicho lapso mi (nuestra) obra sea explotada en las condiciones aquí estipuladas y para los fines indicados, respetando siempre la titularidad de los derechos patrimoniales y morales correspondientes, de acuerdo con los usos honrados, de manera proporcional y justificada a la finalidad perseguida, sin ánimo de lucro ni de comercialización. De manera complementaria, garantizo (garantizamos) en mi (nuestra) calidad de estudiante (s) y por ende autor (es) exclusivo (s), que la Tesis o Trabajo de Grado en cuestión, es producto de mi (nuestra) plena autoría, de mi (nuestro) esfuerzo personal intelectual, como consecuencia de mi (nuestra) creación original particular y, por tanto, soy (somos) el (los) único (s) titular (es) de la misma. Además, aseguro (aseguramos) que no contiene citas, ni transcripciones de otras obras protegidas, por fuera de los límites autorizados por la ley, según los usos honrados, y en proporción a los fines previstos; ni tampoco contempla declaraciones difamatorias contra terceros; respetando el derecho a la imagen, intimidad, buen nombre y demás derechos constitucionales. Adicionalmente, manifiesto (manifestamos) que no se incluyeron expresiones contrarias al orden público ni a las buenas costumbres. En consecuencia, la responsabilidad directa en la elaboración, presentación, investigación y, en general, contenidos de la Tesis o Trabajo de Grado es de mí (nuestro) competencia exclusiva, eximiendo de toda responsabilidad a la Pontifica Universidad Javeriana por tales aspectos. Sin perjuicio de los usos y atribuciones otorgadas en virtud de este documento, continuaré (continuaremos) conservando los correspondientes derechos patrimoniales sin modificación o restricción alguna, puesto que, de acuerdo con la legislación colombiana aplicable, el presente es un acuerdo jurídico que en ningún caso conlleva la enajenación de los derechos patrimoniales derivados del régimen del Derecho de Autor. De conformidad con lo establecido en el artículo 30 de la Ley 23 de 1982 y el artículo 11 de la Decisión Andina 351 de 1993, “Los derechos morales sobre el trabajo son propiedad de los autores”, los cuales son irrenunciables, imprescriptibles, inembargables e inalienables. En consecuencia, la Pontificia Universidad Javeriana está en la obligación de RESPETARLOS Y HACERLOS RESPETAR, para lo cual tomará las medidas correspondientes para garantizar su observancia.http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Clavijo Buritica, Diana CarolinaMartinez Guarnizo, Julian CamiloMontaña Lara, Jose Salvador2019-06-11T18:19:43Z2020-04-15T20:17:48Z2019-06-11T18:19:43Z2020-04-15T20:17:48Z2019-06-10http://hdl.handle.net/10554/43140instname:Pontificia Universidad Javerianareponame:Repositorio Institucional - Pontificia Universidad Javerianarepourl:https://repository.javeriana.edu.coLa Fenazina-1-carboxilato es una molécula producida por cepas de Pseudomonas aeruginosa que tiene alta relevancia para el sector agrícola debido a su capacidad de inhibir el crecimiento de diversos hongos fitopatogenos. En el presente trabajo se modeló la red metabólica de Pseudomonas aeruginosa PAO1 bajo la aproximación de análisis de balance de flujo en estado estacionario (FBA) y en estado dinámico (DFBA), con en fin de simular la producción de fenazina-1-carboxilato en este este organismo. Los resultados obtenidos simulan el metabolismo para la producción de biomasa en Pseudomonas aeruginosa PAO1, así como la biosíntesis de PCA en estado estacionario, ya que se observó que las reacciones de síntesis de pared celular, síntesis de aminoácidos, síntesis de cofactores, síntesis de grupos prostéticos, síntesis de transportadores de electrones, las reacciones del metabolismo central y las reacciones de biosíntesis de PCA estaban activas. También se simuló la producción de biomasa y la biosíntesis de PCA en Pseudomonas aeruginosa PAO1 en estado dinámico, con lo cual se obtuvo el perfil de concentración de biomasa y los perfiles de concentración de nutrientes tales como glucosa y sulfato, evidenciándose que la reacción de síntesis de PCA estaba activa pero no había presencia de un perfil de concentración de PCA extracelular. Lo que concuerda con los resultados obtenidos en estado estacionario donde no se observaron eventos en los que PCA fuera exportado al espacio extracelular. De acuerdo con los resultados obtenidos en este trabajo, se hace necesario realizar estudios posteriores a nivel in vitro e in silico, que permitan determinar el mecanismo biológico en el que la fenazina-1-carboxilato es exportada al medio extracelular, para así bajo la aproximación del Análisis de Balance de Flujo proponer alternativas que permitan mejorar la producción de este metabolito a escala industrial.Phenazine-1-carboxylic acid is a molecule produced by strains of Pseudomonas aeruginosa which is of great importance for the agricultural sector due to its ability to inhibit the growth of various phytopathogenic fungi. In this work the metabolic network of Pseudomonas aeruginosa PAO1 was modeled under the approximation of steady-state flow balance (FBA) and dynamic state (DFBA), in order to simulate the production of phenazine-1-carboxylic acid in this organism. The results simulate the metabolism for the production of biomass in Pseudomonas aeruginosa PAO1, as well as the biosynthesis of PCA in the steady state, since cell wall biosynthesis reactions, synthesis of amino acids, synthesis of cofactors, synthesis of prosthetic groups, synthesis of electron transporters, central metabolism reactions and PCA biosynthesis reactions were active. Biomass production and PCA biosynthesis in Pseudomonas aeruginosa PAO1 were also simulated in the dynamic state, with which the profile of the biomass concentration and the concentration profiles of the elements such as glucose and sulfate were obtained, evidencing in the synthesis reaction of PCA was active but did not have the presence of an extracellular PCA concentration profile. What is consistent with the results in the steady state where no events were observed in the PCA was exported to the extracellular space. According to the results in this work, it is necessary to carry out further studies at an in vitro level, which allow to determine the biological mechanism in which phenazine-1-carboxylic acid is exported to the extracellular medium, so under the approximation of the Flux Balance Analysis Propose alternatives to improve the production of this metabolite on an industrial scale.Microbiólogo (a) IndustrialPregradoPDFapplication/pdfspaPontificia Universidad JaverianaMicrobiología IndustrialFacultad de CienciasFenazina-1-CarboxilatoPseudomonas aeruginosa PAO1FBADFBAPhenazine-1-Carboxylic acidPseudomonas aeruginosa PAO1FBADFBAMicrobiología industrial - Tesis y disertaciones académicasPseudomonas aeruginosaSíntesis microbiológicaModelamiento de la red metabólica de Pseudomonas aeruginosa PAO1 para la síntesis biológica de Fenazina-1-CarboxilatoTesis/Trabajo de grado - Monografía - Pregradohttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1finfo:eu-repo/semantics/bachelorThesisLICENSElicense.txttext/plain2603http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/1/license.txt2070d280cc89439d983d9eee1b17df53MD51open accessORIGINALTesis de Micro documento definitivo.pdfapplication/pdf892730http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/2/Tesis%20de%20Micro%20documento%20definitivo.pdfe83e086bae88bb7d8afc75f520895312MD52open accessCarta Autorizaciòn.pdfLicencia de usoapplication/pdf191733http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/3/Carta%20Autorizaci%c3%b2n.pdf6d968b4ff55d7b91653363663ef62890MD53metadata only accessCarta Directores_0001.pdfapplication/pdf53364http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/4/Carta%20Directores_0001.pdfe37cc55e01f98dc629be55a22487df9eMD54metadata only accessTHUMBNAILTesis de Micro documento definitivo.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg2973http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/5/Tesis%20de%20Micro%20documento%20definitivo.pdf.jpg00f9c1e1b179b421f0a4eaa4fbcb95b3MD55open accessCarta Autorizaciòn.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg6411http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/6/Carta%20Autorizaci%c3%b2n.pdf.jpg1fad547bac93503a5e776d95df6c43ebMD56open accessCarta Directores_0001.pdf.jpgIM Thumbnailimage/jpeg5604http://repository.javeriana.edu.co/bitstream/10554/43140/7/Carta%20Directores_0001.pdf.jpg7ec465b99c7082dfe8bc4eaef9c1aa28MD57open access10554/43140oai:repository.javeriana.edu.co:10554/431402022-05-03 13:25:35.295Repositorio Institucional - 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