Desarrollo de herramientas computacionales para la búsqueda de secuencias reguladoras de la transcripción en procariotas
En la presente investigación se elaboró un programa en lenguaje PERL, para la localización de secuencias de ADN que se unen a factores de transcripción que regulan la expresión génica en procariotas. Los conjuntos de genes fueron obtenidos a partir de su expresión en las mismas condiciones ambiental...
- Autores:
-
Pérez, Carlos Andrés
Falgueras, Juan
Pérez, Antonio
- Tipo de recurso:
- Article of investigation
- Fecha de publicación:
- 2008
- Institución:
- Universidad ICESI
- Repositorio:
- Repositorio ICESI
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.icesi.edu.co:10906/1490
- Acceso en línea:
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- Palabra clave:
- Bioinformática
PERL
Transcripciones
Traducción
Producción intelectual registrada - Universidad Icesi
Sistemas & Telemática
Bioinformatics
Transcription factors
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En la presente investigación se elaboró un programa en lenguaje PERL, para la localización de secuencias de ADN que se unen a factores de transcripción que regulan la expresión génica en procariotas. Los conjuntos de genes fueron obtenidos a partir de su expresión en las mismas condiciones ambientales. El organismo modelo con el que se trabajó fue lactococcus lactis, del cual se dispone su genoma secuenciado en formato del banco de genes. El programa encontró mayor número de posibles secuencias reguladoras en la región flanqueadora 5´ de los genes. El número de posibles secuencias reguladoras también estuvo determinado por la cantidad de genes que conformaron cada conjunto El programa también localizó secuencias flanqueadoras de genes que podrían estar involucradas en su regulación, pero traduccionalmente. La comparación de los resultados con patrones obtenidos de manera experimental se hizo mediante matrices de pesos de posición de nucleótidos y se lograron aproximadamente 50porciento de secuencias reguladoras que coincidían con las reportadas en las bases de datos, lo que indica un buen nivel de predicción del programa si se tiene en cuenta que la mayoría de secuencias reguladoras para procariotas aún no han sido caracterizadas por métodos experimentales. |
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El programa encontró mayor número de posibles secuencias reguladoras en la región flanqueadora 5´ de los genes. El número de posibles secuencias reguladoras también estuvo determinado por la cantidad de genes que conformaron cada conjunto El programa también localizó secuencias flanqueadoras de genes que podrían estar involucradas en su regulación, pero traduccionalmente. La comparación de los resultados con patrones obtenidos de manera experimental se hizo mediante matrices de pesos de posición de nucleótidos y se lograron aproximadamente 50porciento de secuencias reguladoras que coincidían con las reportadas en las bases de datos, lo que indica un buen nivel de predicción del programa si se tiene en cuenta que la mayoría de secuencias reguladoras para procariotas aún no han sido caracterizadas por métodos experimentales.This paper deals with a PERL program for tracking the DNA sequences that join transcription factors regulating the genetic expression of prokaryotic cells. The gene sets where obtained from their expressions under the same environmental conditions. The model organism was the lactococcus lactis, an organism for which we possess its sequenced genome in gene bank format. The program found a larger number of possible regulatory sequences in the 5’ flanking region of the genes. The number of possible regulatory sequences was also determined for the amount of genes that made up the set. The program also located flanking gene sequences which could also be involved in its regulation but at a translational level. The comparison of the results with patterns obtained experimentally, was done by means of nucleotide position weight matrices, getting around 50% regulating sequences which coincide with those reported in the databases, indicating good program prediction capability, if you account for the fact that most prokaryotic cell regulating sequences have yet to be characterized by experimental methods.13-28 páginasDigitalapplication/pdfspaUniversidad IcesiFacultad de IngenieríaSantiago de CaliSistemas y TelemáticaSistemas y Telemática;Vol.5 No.10EL AUTOR, expresa que la obra objeto de la presente autorización es original y la elaboró sin quebrantar ni suplantar los derechos de autor de terceros, y de tal forma, la obra es de su exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre éste. PARÁGRAFO: en caso de queja o acción por parte de un tercero referente a los derechos de autor sobre el artículo, folleto o libro en cuestión, EL AUTOR, asumirá la responsabilidad total, y saldrá en defensa de los derechos aquí autorizados; para todos los efectos, la Universidad Icesi actúa como un tercero de buena fe. Esta autorización, permite a la Universidad Icesi, de forma indefinida, para que en los términos establecidos en la Ley 23 de 1982, la Ley 44 de 1993, leyes y jurisprudencia vigente al respecto, haga publicación de este con fines educativos Toda persona que consulte ya sea la biblioteca o en medio electróico podrá copiar apartes del texto citando siempre la fuentes, es decir el título del trabajo y el autor.https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessAtribución-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2BioinformáticaPERLTranscripcionesTraducciónProducción intelectual registrada - Universidad IcesiSistemas & TelemáticaBioinformaticsTranscription factorsDesarrollo de herramientas computacionales para la búsqueda de secuencias reguladoras de la transcripción en procariotasDevelopment of Computational Tools for Searching Regulatory Sequences of the Transcription in Prokaryotic Cellsinfo:eu-repo/semantics/articlehttp://purl.org/coar/resource_type/c_2df8fbb1Artículoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Comunidad Universidad Icesi - Investigadores5101328ORIGINALDocumento.htmlDocumento.htmltext/html285http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/1490/1/Documento.htmlee3eb8496f67e4819f6f445675666850MD5110906/1490oai:repository.icesi.edu.co:10906/14902018-12-06 15:17:03.074Biblioteca Digital - Universidad icesicdcriollo@icesi.edu.co |