Caracterización de la estructura de las comunidades de bacterias endófitas establecidas en tejidos vegetativos de dos especies del género Oryza spp. (O. sativa y O. glumaepatula) mediante la técnica de PCR - DGGE basada en la amplificación del GEN 16S rARN
Las bacterias endófitas son organismos que colonizan el interior de los tejidos de plantas, sin generar daño. Estos organismos participan en diferentes procesos como fijación biológica de nitrógeno, producción de fitohormonas, y resistencia frente a la actividad de organismos patógenos; entre otros,...
- Autores:
-
Castro Panqueva, Rodrigo
- Tipo de recurso:
- Trabajo de grado de pregrado
- Fecha de publicación:
- 2013
- Institución:
- Universidad ICESI
- Repositorio:
- Repositorio ICESI
- Idioma:
- spa
- OAI Identifier:
- oai:repository.icesi.edu.co:10906/76493
- Acceso en línea:
- http://hdl.handle.net/10906/76493
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- Palabra clave:
- Biología
Producción intelectual registrada - Universidad Icesi
Fijacion de nitrogeno
Bacterias
Endofitas
Endophytic bacteria
Bacterial enrichment
Biology
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- License
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Las bacterias endófitas son organismos que colonizan el interior de los tejidos de plantas, sin generar daño. Estos organismos participan en diferentes procesos como fijación biológica de nitrógeno, producción de fitohormonas, y resistencia frente a la actividad de organismos patógenos; entre otros, lo que las convierten en una alternativa novedosa para el mejoramiento de las variedades de cultivo. El objetivo de este proyecto fue realizar un análisis comparativo de la estructura de las comunidades bacterianas presentes en tejidos vegetativos (hojas y tallos) de un genotipo de Oryza glumaepatula (Accesión # 243) y dos accesiones de Oryza sativa (IR64 y Nipponbare) empleando la técnica de DGGE basada en la amplificación de un fragmento hipervariable del gen 16S rARN. Se emplearon dos metodologías para la evaluación de las comunidades bacterianas: 1) El método microbiológico clásico que permite aislar bacterias cultivables, y 2) Extracción directa de ADN bacteriano. |
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El objetivo de este proyecto fue realizar un análisis comparativo de la estructura de las comunidades bacterianas presentes en tejidos vegetativos (hojas y tallos) de un genotipo de Oryza glumaepatula (Accesión # 243) y dos accesiones de Oryza sativa (IR64 y Nipponbare) empleando la técnica de DGGE basada en la amplificación de un fragmento hipervariable del gen 16S rARN. Se emplearon dos metodologías para la evaluación de las comunidades bacterianas: 1) El método microbiológico clásico que permite aislar bacterias cultivables, y 2) Extracción directa de ADN bacteriano.Endophytic bacteria are organisms, which colonize the inside of plant tissues without causing harm. These microorganisms are involved in different processes such as biological nitrogen fixation, phytohormone production and resistance to the activity of pathogenic organisms, thus making them a novel alternative for the improvement of crop varieties. The objective of this project was to carry out a comparative analysis of the structure of bacterial communities present in vegetative tissues (leaves and stems) of a genotype Oryza glumaepatula (# 243) and two accessions of Oryza sativa (IR64 and Nipponbare) using the DGGE technique based on the amplification of a hypervariable fragment of the 16S rRNA gene. Two methodologies were used for the assessment of bacterial communities: 1) The classical microbiological method to isolate culturable bacteria, and 2) Direct extraction of bacterial DNA. In both cases, the bacterial enrichment method was included in the process in order to increase the abundance of bacterial strains. A total of 23 different morphotypes were obtained by the microbiological method. Of these, 10 morphotypes were isolated from the tissues of IR64, 6 from Nipponbare and 7 from O. glumaepatula.59 páginasDigitalspaUniversidad IcesiFacultad de Ciencias NaturalesBiologíaCiencias BiológicasSantiago de CaliEL AUTOR, expresa que la obra objeto de la presente autorización es original y la elaboró sin quebrantar ni suplantar los derechos de autor de terceros, y de tal forma, la obra es de su exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre éste. PARÁGRAFO: en caso de queja o acción por parte de un tercero referente a los derechos de autor sobre el artículo, folleto o libro en cuestión, EL AUTOR, asumirá la responsabilidad total, y saldrá en defensa de los derechos aquí autorizados; para todos los efectos, la Universidad Icesi actúa como un tercero de buena fe. Esta autorización, permite a la Universidad Icesi, de forma indefinida, para que en los términos establecidos en la Ley 23 de 1982, la Ley 44 de 1993, leyes y jurisprudencia vigente al respecto, haga publicación de este con fines educativos. Toda persona que consulte ya sea la biblioteca o en medio electrónico podrá copiar apartes del texto citando siempre la fuentes, es decir el título del trabajo y el autor.https://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/info:eu-repo/semantics/openAccessAtribuci�n-NoComercial-SinDerivadas 4.0 Internacional (CC BY-NC-ND 4.0)http://purl.org/coar/access_right/c_abf2BiologíaProducción intelectual registrada - Universidad IcesiFijacion de nitrogenoBacteriasEndofitasEndophytic bacteriaBacterial enrichmentBiologyCaracterización de la estructura de las comunidades de bacterias endófitas establecidas en tejidos vegetativos de dos especies del género Oryza spp. (O. sativa y O. glumaepatula) mediante la técnica de PCR - DGGE basada en la amplificación del GEN 16S rARNinfo:eu-repo/semantics/bachelorThesishttp://purl.org/coar/resource_type/c_7a1fTrabajo de gradoinfo:eu-repo/semantics/publishedVersionhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85Comunidad Universidad IcesiTEXTestructura_comunidades_baterias.pdf.txtestructura_comunidades_baterias.pdf.txttext/plain115610http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/6/estructura_comunidades_baterias.pdf.txt4232b589c80776971b491c63ffd4769fMD56castro_estructura_baterias_2013.pdf.txtcastro_estructura_baterias_2013.pdf.txttext/plain118071http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/7/castro_estructura_baterias_2013.pdf.txt71149be657b8c687e7106381a7931a72MD57LICENSElicense.txtlicense.txttext/plain1783http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/5/license.txta9bf6c9d51cc761c4b473f39f5bcb2eaMD55CC-LICENSElicense_urllicense_urltext/plain49http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/2/license_url4afdbb8c545fd630ea7db775da747b2fMD52license_textlicense_textapplication/octet-stream21936http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/3/license_text9833653f73f7853880c94a6fead477b1MD53license_rdflicense_rdfapplication/octet-stream22190http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/4/license_rdf7ed1497c69d68d8483a71890b6518559MD54ORIGINALcastro_estructura_baterias_2013.pdfcastro_estructura_baterias_2013.pdfapplication/pdf1623397http://repository.icesi.edu.co/biblioteca_digital/bitstream/10906/76493/1/castro_estructura_baterias_2013.pdf62a072a4c6ef12a01c0743ee0eb39a0bMD5110906/76493oai:repository.icesi.edu.co:10906/764932017-07-20 02:31:13.784Biblioteca Digital - Universidad icesicdcriollo@icesi.edu.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 |