Zika genomics urgently need standardized and curated reference sequences (2017)
Las epidemias virales emergentes representan una amenaza para la salud pública a nivel mundial. La reciente propagación del virus Zika (ZIKV) en la región del Pacífico y las Américas es particularmente preocupante, dada su asociación con malformaciones congénitas graves. El 1 de febrero de 2016, la Organización Mundial de la Salud (OMS) declaró al ZIKV una emergencia de salud pública de importancia internacional, lo que provocó una respuesta mundial para mejorar nuestra comprensión de la epidemiología y las manifestaciones de la enfermedad del ZIKV. La vigilancia intensificada del ZIKV y el intercambio en tiempo real de nueva evidencia científica coincidieron con una ampliación de la secuenciación del genoma completo del ZIKV con fines de salud pública y diagnóstico [1,2]. Como resultado, la mayoría de los genomas humanos del ZIKV disponibles hasta la fecha se originan en el brote en curso. Si bien esta proliferación de datos genómicos ofrece nuevas oportunidades para la genómica comparativa y evolutiva del ZIKV, demostramos que el rápido avance en la genómica del ZIKV ha resultado en inconsistencias que complican la interpretación, la reproducibilidad y la comparación de los hallazgos de los estudios y entre ellos, particularmente debido a la falta de consenso sobre una anotación genómica de referencia estandarizada y representativa. Los genomas de referencia de ZIKV no coinciden con las cepas de virus muestreadas de la epidemia mundial o no están adecuadamente anotados a nivel de proteína, y la heterogeneidad actual en la metodología del estudio limita en última instancia todo el potencial de la genómica de ZIKV. En esta carta, abordamos la necesidad de curación y anotación estandarizada de los genomas de referencia de ZIKV para guiar a los investigadores y médicos en los análisis genómicos y la traducción de los resultados de la investigación.