High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity

Trypanosoma cruzi causa la enfermedad de Chagas y tiene un genoma extranuclear único encerrado en una estructura llamada cinetoplasto, que contiene genomas circulares conocidos como maxi y minicírculos. Si bien la estructura y función de los maxicírculos se comprenden bien, aún quedan muchos aspecto...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2024
Institución:
Universidad del Rosario
Repositorio:
Repositorio EdocUR - U. Rosario
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:repository.urosario.edu.co:10336/42910
Acceso en línea:
https://doi.org/10.1038/s41598-024-56076-4
https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42910
Palabra clave:
Trypanosoma cruzi
Maxicírculos
Minicírculos
ADNk
ARN guía
Colombia
Enfermedad de Chagas
Trypanosoma cruzi
Maxicircles
Minicircles
kDNA
Guide RNA
Colombia
Chagas disease
Rights
License
Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
id EDOCUR2_cfbf630c88b2e94510139d9a55844593
oai_identifier_str oai:repository.urosario.edu.co:10336/42910
network_acronym_str EDOCUR2
network_name_str Repositorio EdocUR - U. Rosario
repository_id_str
dc.title.spa.fl_str_mv High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
title High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
spellingShingle High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
Trypanosoma cruzi
Maxicírculos
Minicírculos
ADNk
ARN guía
Colombia
Enfermedad de Chagas
Trypanosoma cruzi
Maxicircles
Minicircles
kDNA
Guide RNA
Colombia
Chagas disease
title_short High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
title_full High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
title_fullStr High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
title_full_unstemmed High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
title_sort High-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversity
dc.subject.spa.fl_str_mv Trypanosoma cruzi
Maxicírculos
Minicírculos
ADNk
ARN guía
Colombia
Enfermedad de Chagas
topic Trypanosoma cruzi
Maxicírculos
Minicírculos
ADNk
ARN guía
Colombia
Enfermedad de Chagas
Trypanosoma cruzi
Maxicircles
Minicircles
kDNA
Guide RNA
Colombia
Chagas disease
dc.subject.keyword.eng.fl_str_mv Trypanosoma cruzi
Maxicircles
Minicircles
kDNA
Guide RNA
Colombia
Chagas disease
description Trypanosoma cruzi causa la enfermedad de Chagas y tiene un genoma extranuclear único encerrado en una estructura llamada cinetoplasto, que contiene genomas circulares conocidos como maxi y minicírculos. Si bien la estructura y función de los maxicírculos se comprenden bien, aún quedan muchos aspectos de los minicírculos por descubrir. Aquí, realizamos un análisis de alto rendimiento del minicirculoma (mcDNA) en 50 clones aislados de las diversas poblaciones de T. cruzi I de Colombia. Los resultados indican que el mcDNA comprende cuatro subpoblaciones diversas con diferentes estructuras, longitudes y números de regiones semiconservadas (anteriormente denominadas regiones ultraconservadas mHCV) e hipervariables (mHVP) intercaladas. El análisis de la ascendencia del mcDNA y la diferenciación entre clones indica que el mestizaje de clases de secuencias de minicírculos se realiza a lo largo de diversas cepas y huéspedes. Estos resultados respaldan la evidencia de la dinámica multiclonal y la segregación biparental aleatoria. Finalmente, divulgamos el repertorio de ARN guía codificado por mcDNA a escala clonal, y se discuten varios atributos de su abundancia y función.
publishDate 2024
dc.date.accessioned.none.fl_str_mv 2024-07-08T16:52:12Z
dc.date.available.none.fl_str_mv 2024-07-08T16:52:12Z
dc.date.created.spa.fl_str_mv 2024-12-01
dc.date.issued.spa.fl_str_mv 2024-12-01
dc.type.spa.fl_str_mv article
dc.type.coarversion.fl_str_mv http://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85
dc.type.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/resource_type/c_6501
dc.type.spa.spa.fl_str_mv Artículo de Investigación
dc.identifier.doi.spa.fl_str_mv https://doi.org/10.1038/s41598-024-56076-4
dc.identifier.uri.none.fl_str_mv https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42910
url https://doi.org/10.1038/s41598-024-56076-4
https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42910
dc.language.iso.spa.fl_str_mv eng
language eng
dc.relation.ispartof.spa.fl_str_mv Scientific Reports
dc.rights.spa.fl_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
dc.rights.coar.fl_str_mv http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.rights.acceso.spa.fl_str_mv Abierto (Texto Completo)
dc.rights.uri.spa.fl_str_mv http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
rights_invalid_str_mv Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
Abierto (Texto Completo)
http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/
http://purl.org/coar/access_right/c_abf2
dc.format.mimetype.spa.fl_str_mv application/pdf
dc.source.spa.fl_str_mv Scientific Reports
institution Universidad del Rosario
dc.source.instname.spa.fl_str_mv instname:Universidad del Rosario
dc.source.reponame.spa.fl_str_mv reponame:Repositorio Institucional EdocUR
bitstream.url.fl_str_mv https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/460dd258-d6c1-45c2-8db1-b8f45fa78475/download
https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/8b4e0cfe-fe78-481a-a7c0-05c1c6fb9222/download
https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/81a73e03-dd05-46f7-8a8c-844ddb123df8/download
bitstream.checksum.fl_str_mv ff6af426a7acec2f58eb6404085d6cd2
6e966ad281d8eeef03e0e95d8b6b5b5d
a6af6f5760183c30dfebf8cd96d2996b
bitstream.checksumAlgorithm.fl_str_mv MD5
MD5
MD5
repository.name.fl_str_mv Repositorio institucional EdocUR
repository.mail.fl_str_mv edocur@urosario.edu.co
_version_ 1814167463408959488
spelling f1993bf0-da1d-47af-b1ba-65d93d7c2c1534842f6b-cc0d-43b1-b1bd-840ce95f5cc67c9a37ec-46f2-4a59-b8b2-d3c479c6f1304002ec788ba-82f2-4515-b6e9-64aeacbd4bdf4001d17a18d-d5da-4396-943c-2244669086ec400fa0d2708-a3d5-4e7f-a200-9e4565bf39ef8f7d8043-9036-423d-b832-57c3ed2acf8965374c22-d5c1-40de-9fc6-bbf0a9c3d8fa2024-07-08T16:52:12Z2024-07-08T16:52:12Z2024-12-012024-12-01Trypanosoma cruzi causa la enfermedad de Chagas y tiene un genoma extranuclear único encerrado en una estructura llamada cinetoplasto, que contiene genomas circulares conocidos como maxi y minicírculos. Si bien la estructura y función de los maxicírculos se comprenden bien, aún quedan muchos aspectos de los minicírculos por descubrir. Aquí, realizamos un análisis de alto rendimiento del minicirculoma (mcDNA) en 50 clones aislados de las diversas poblaciones de T. cruzi I de Colombia. Los resultados indican que el mcDNA comprende cuatro subpoblaciones diversas con diferentes estructuras, longitudes y números de regiones semiconservadas (anteriormente denominadas regiones ultraconservadas mHCV) e hipervariables (mHVP) intercaladas. El análisis de la ascendencia del mcDNA y la diferenciación entre clones indica que el mestizaje de clases de secuencias de minicírculos se realiza a lo largo de diversas cepas y huéspedes. Estos resultados respaldan la evidencia de la dinámica multiclonal y la segregación biparental aleatoria. Finalmente, divulgamos el repertorio de ARN guía codificado por mcDNA a escala clonal, y se discuten varios atributos de su abundancia y función.Trypanosoma cruzi causes Chagas disease and has a unique extranuclear genome enclosed in a structure called the kinetoplast, which contains circular genomes known as maxi- and minicircles. While the structure and function of maxicircles are well-understood, many aspects of minicircles remain to be discovered. Here, we performed a high-throughput analysis of the minicirculome (mcDNA) in 50 clones isolated from Colombia’s diverse T. cruzi I populations. Results indicate that mcDNA comprises four diverse subpopulations with different structures, lengths, and numbers of interspersed semi-conserved (previously termed ultra-conserved regions mHCV) and hypervariable (mHVPs) regions. Analysis of mcDNA ancestry and inter-clone differentiation indicates the interbreeding of minicircle sequence classes is placed along diverse strains and hosts. These results support evidence of the multiclonal dynamics and random bi-parental segregation. Finally, we disclosed the guide RNA repertoire encoded by mcDNA at a clonal scale, and several attributes of its abundance and function are discussed.application/pdfhttps://doi.org/10.1038/s41598-024-56076-4https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42910engScientific ReportsAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 InternationalAbierto (Texto Completo)http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Scientific Reportsinstname:Universidad del Rosarioreponame:Repositorio Institucional EdocURTrypanosoma cruziMaxicírculosMinicírculosADNkARN guíaColombiaEnfermedad de ChagasTrypanosoma cruziMaxicirclesMinicircleskDNAGuide RNAColombiaChagas diseaseHigh-throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome (mcDNA) unveils structural variation and functional diversityarticleArtículo de Investigaciónhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85http://purl.org/coar/resource_type/c_6501Gómez-Palacio, AndrésPita, SebastiánCruz-Saavedra, LissaVan den Broeck, FrederikGeerts, ManonVallejo, Gustavo A.Carranza, Julio C.Ramírez, Juan DavidORIGINALHigh throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome.pdfapplication/pdf5626867https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/460dd258-d6c1-45c2-8db1-b8f45fa78475/downloadff6af426a7acec2f58eb6404085d6cd2MD51TEXTHigh throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome.pdf.txtHigh throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome.pdf.txtExtracted texttext/plain57338https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/8b4e0cfe-fe78-481a-a7c0-05c1c6fb9222/download6e966ad281d8eeef03e0e95d8b6b5b5dMD52THUMBNAILHigh throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome.pdf.jpgHigh throughput analysis of the Trypanosoma cruzi minicirculome.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4811https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/81a73e03-dd05-46f7-8a8c-844ddb123df8/downloada6af6f5760183c30dfebf8cd96d2996bMD5310336/42910oai:repository.urosario.edu.co:10336/429102024-08-22 09:40:11.272http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttps://repository.urosario.edu.coRepositorio institucional EdocURedocur@urosario.edu.co