Caracterización genómica de especies de Clostridiales Circulantes en el río Pasto (2024)
La clase Clostridia está compuesta por bacterias con diversos roles potenciales, contando con especies comensales y otras patógenos oportunistas. Estas bacterias son clasificadas como anaerobias y están presentes a nivel intestinal de humanos y animales; sin embargo, la alta resistencia de sus esporas al oxígeno les permite ampliar su rango de dispersión, siendo encontrados en muestras ambientales de suelos y aguas. La presencia de este tipo de microorganismos en cuerpos de agua puede ser un marcador de pérdida de su calidad. Zonas en las que es frecuente el contacto entre poblaciones humanas y cuerpos hídricos pueden ser propensas a contaminación de diferentes tipos, siendo una de ellas los microorganismos, muchos de los cuales son de importancia clínica por su potencial patógeno. Este estudio tuvo como objetivo detectar y caracterizar a nivel genómico bacterias Clostridiales aisladas de muestras de agua, tomadas entre septiembre del 2022 hasta marzo del 2023 del Río Pasto. Para el proceso de caracterización se ensamblaron Genomas Metagenómicos Ensamblados (MAGs) en los cuales se identificaron marcadores de resistencia a antimicrobianos y factores de virulencia, siendo esto tema relevante de salud pública. Se ensamblaron 33 MAGs de alta calidad y cuatro de calidad media, correspondientes a 11 especies clostridiales, estando entre estas Clostridium perfringens, Clostridium tetani, Clostridium botulinum y Clostridioides difficile, que son medicamente relevantes. Pymaiobacter missiliensis y Clostridium sulfidigenes también fueron detectadas en este estudio, siendo especies Clostridiales recientemente descritas y poco estudiadas, por lo que no es claro su impacto sobre hospederos. La búsqueda de factores de virulencia a partir de los MAGs mostró la presencia de genes nag, junto con otros genes de este tipo frecuentes en C. perfringens. Adicionalmente, se encontraron marcadores de resistencia a antibióticos, especialmente asociados a resistencia a fluoroquinolonas, aminoglucósidos, lincosamidas, péptidos y tetraciclinas, ampliamente distribuidos en los MAGs obtenidos. En este estudio se identificó la presencia de 11 especies Clostridiales en cuerpos de agua, las cuales transportan factores de virulencia y marcadores de resistencia, revelando un riesgo microbiológico en el río Pasto.