Design of a molecular method for subspecies specific identification of Klebsiella pneumoniae by using the 16S ribosomal subunit gene

Introducción: El rinoescleroma es causado por Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis y la ocena por Klebsiella pneumoniae ozaenae respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en el tracto respiratorio superior y tienen una sintomatología inespecífica en sus fases iniciales por lo cual se pueden confundir con el catarro común. Las dificultades de establecer un diagnóstico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia antimicrobiana, porque puede no ser efectiva y hacer que la enfermedad evolucione a una fase crónica cuyo seguimiento puede implicar muchos años. Objetivo: Diseñar un ensayo molecular para la identificación a nivel de subespecie de bacterias del género Klebsiella basado en restricción de amplicones del gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S). Metodología: Se generaron patrones de restricción específicos, utilizando secuencias informadas del gen ADNr 16S y los programas bioinformáticos MACAW, PFE, GENEDOC y GENE RUNNER. Se estandarizaron las condiciones para la amplificación y restricción para el ensayo experimental. Resultados: Las predicciones in silico permitieron proponer un algoritmo para la identificación a nivel de especie y subespecie de las especies del género Klebsiella. Se incluyeron dos cepas de referencia y dos aislados clínicos, que se biotipificaron e identificaron por el método propuesto; los patrones de restricción obtenidos del gen ADNr 16S evidenciaron diferencias con respecto a la especie inicialmente identificada por métodos convencionales. Además se encontraron dos patrones de bandas en Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis, indicando la presencia de polimorfismos en el gen ADNr 16S para esta subespecie. Conclusiones: Se confirmó la dificultad para identificar Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie por métodos convencionales. La implementación de esta técnica podría permitir la diferenciación temprana entre Klebsiella pneumoniae ozaenae y Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis que causan dos infecciones tratadas por lo general de forma empírica y como consecuencia de esto, la terapia antimicrobiana suele no ser efectiva, en especial en pacientes crónicos. Se requiere ampliar los estudios con un número mayor de cepas de referencia y aislados clínicos.

• Fecha de publicación: 2009
• Institución: Universidad del Rosario
• Repositorio: Repositorio EdocUR - U. Rosario
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repository.urosario.edu.co:10336/24620
• Acceso en línea: https://doi.org/10.25100/cm.v40i3.659; https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/24620
• Palabra clave: Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis; Klebsiella pneumoniae ozaenae; Klebsiella pneumoniae pneumoniae; Diagnóstico.; Dna 16s; Amplicon; Article; Bacterial strain; Bacterium isolate; Bioinformatics; Computer model; Computer program; Controlled study; Gene sequence; Genetic algorithm; Genetic polymorphism; Klebsiella pneumoniae; Klebsiella pneumoniae ozaenae; Klebsiella rhinoscleromatis; Nonhuman; Nucleotide sequence; Phenotype; Restriction fragment; Restriction mapping; Sequence analysis; Species identification; Strain difference; Subspecies; Diagnosis; K; Pneumoniae ozaenae; K; Pneumoniae pneumoniae; Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis
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