Flanking regions of monomorphic microsatellite loci provide a new source of data for plant species-level phylogenetics (2009)
Los árboles filogenéticos bien resueltos son esenciales para que comprendamos los procesos evolutivos a nivel de especies. Sin embargo, el grado de resolución a nivel de especie en la literatura filogenética vegetal es pobre, en gran parte debido a la escasez de marcadores moleculares suficientemente variables. A diferencia del enfoque genético común para el desarrollo de marcadores, generamos secuencias de ADN de regiones flanqueantes de microsatélites nucleares monomórficos en un estudio filogenético de Annonaespecies (Annonaceae). Los datos resultantes no mostraron evidencia de paralogía o diversidad alélica que confundiría los intentos de reconstruir el árbol de la especie. Las regiones flanqueantes de microsatélites son cortas, lo que las hace prácticas de usar, pero tienen proporciones asombrosas de caracteres variables. Tienen tasas de sustitución de 3,5 a 10 veces más altas en comparación con dos marcadores de cloroplasto comúnmente utilizados, no tienen heterogeneidad de tasas entre las posiciones de los nucleótidos, evolucionan en forma de reloj y no muestran evidencia de saturación. Estas ventajas se compensan con la corta longitud de las regiones flanqueantes, lo que da como resultado un número similar de caracteres informativos de parsimonia a los marcadores de cloroplasto. La evolución neutra y la alta variabilidad de las regiones flanqueantes, junto con la amplia disponibilidad de loci de microsatélites monomórficos en las angiospermas, son cualidades útiles para la filogenia a nivel de especie. La metodología general que presentamos aquí facilita la búsqueda de marcadores filogenéticos en grupos donde se han desarrollado microsatélites.