Underparameterized model of sequence evolution leads to bias in the estimation of diversification rates from molecular phylogenies. (2005)
Las inferencias macroevolucionarias a partir de filogenias moleculares son cada vez más comunes (ver Harvey et al., 1996; Mooers y Heard, 1997; Pagel, 1999; Barraclough y Nee, 2001). Muchos métodos en los que se invocan filogenias para la inferencia histórica asumen que una filogenia molecular es una representación sin errores de la historia filogenética subyacente de los taxones incluidos (pero ver Lutzoni et al., 2001; Huelsenbeck et al., 2000; Huelsenbeck y Rannala, 2003 ). Sin embargo, las filogenias moleculares son estimaciones de esta historia basadas en un modelo particular de evolución; así, hay algo de Wagner, G. P. 1989b. El origen de los caracteres morfológicos y la base biológica de la homología. Evolución 43: 1157-1171. Wagner, G. P. y P. F. Stadler. 2003. Cuasi-independencia, homología y unidad de tipo: una teoría topológica de caracteres. J. Theor. Biol. 220: 505–527. Wheeler, W. C. 1996. Optimización de alineación: ¿El final de la alineación de múltiples secuencias en filogenia? Cladística 12: 1-10. Wheeler, W. C. y D. S. Gladstein. 1994. MALIGN: Un programa de alineación de secuencias múltiples. J. Hered. 85: 417–418. Wheeler, W. C. y R. L. Honeycutt. 1988. Diferencia de secuencia apareada en ARN ribosomales: implicaciones evolutivas y filogenéticas. Mol. Biol. Evol. 5: 90–96. Wiley, E. O. 1978.