Global and genetic diversity of SARS-CoV-2 in wastewater
El análisis del SARS-CoV-2 en aguas residuales nos ha permitido comprender mejor la propagación y evolución del virus en todo el mundo. Para profundizar nuestra comprensión de sus características epidemiológicas y genómicas, analizamos 10.147 secuencias de SARS-CoV-2 de 5 continentes y 21 países que...
- Autores:
- Tipo de recurso:
- Fecha de publicación:
- 2024
- Institución:
- Universidad del Rosario
- Repositorio:
- Repositorio EdocUR - U. Rosario
- Idioma:
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- OAI Identifier:
- oai:repository.urosario.edu.co:10336/42906
- Acceso en línea:
- https://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e27452
https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42906
- Palabra clave:
- SARS-CoV-2
Linaje críptico
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Sustitución Variante
SARS-CoV-2
Cryptic lineage
hylogenetic analysis
Substitution Variant
- Rights
- License
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El análisis del SARS-CoV-2 en aguas residuales nos ha permitido comprender mejor la propagación y evolución del virus en todo el mundo. Para profundizar nuestra comprensión de sus características epidemiológicas y genómicas, analizamos 10.147 secuencias de SARS-CoV-2 de 5 continentes y 21 países que fueron depositadas en la base de datos GISAID hasta el 31 de enero de 2023. Nuestros resultados revelaron más de 100 linajes independientes del virus. circulando en muestras de agua desde marzo de 2020 hasta enero de 2023, incluidas variantes de interés y preocupación. Observamos cuatro períodos claramente definidos de distribución global de estas variantes a lo largo del tiempo, en los que una variante fue reemplazada por otra. Curiosamente, descubrimos que las secuencias transmitidas por el agua del SARS-CoV-2 de diferentes países tenían una estrecha relación filogenética. Además, 40 secuencias del SARS-CoV-2 transmitidas por el agua de Europa y EE. UU. no mostraron ninguna relación filogenética con las secuencias humanas del SARS-CoV-2. También identificamos un número significativo de mutaciones no sinónimas, algunas de las cuales se detectaron en linajes crípticos informados anteriormente. Entre los países analizados, Francia y Estados Unidos mostraron el mayor grado de diversidad de secuencias, mientras que Austria informó el mayor número de genomas (6.296). Nuestro estudio proporciona información valiosa sobre la diversidad epidemiológica y genómica del SARS-CoV-2 en las aguas residuales, que puede utilizarse para apoyar las iniciativas y la preparación de salud pública. |
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Observamos cuatro períodos claramente definidos de distribución global de estas variantes a lo largo del tiempo, en los que una variante fue reemplazada por otra. Curiosamente, descubrimos que las secuencias transmitidas por el agua del SARS-CoV-2 de diferentes países tenían una estrecha relación filogenética. Además, 40 secuencias del SARS-CoV-2 transmitidas por el agua de Europa y EE. UU. no mostraron ninguna relación filogenética con las secuencias humanas del SARS-CoV-2. También identificamos un número significativo de mutaciones no sinónimas, algunas de las cuales se detectaron en linajes crípticos informados anteriormente. Entre los países analizados, Francia y Estados Unidos mostraron el mayor grado de diversidad de secuencias, mientras que Austria informó el mayor número de genomas (6.296). Nuestro estudio proporciona información valiosa sobre la diversidad epidemiológica y genómica del SARS-CoV-2 en las aguas residuales, que puede utilizarse para apoyar las iniciativas y la preparación de salud pública.The analysis of SARS-CoV-2 in wastewater has enabled us to better understand the spread and evolution of the virus worldwide. To deepen our understanding of its epidemiological and genomic characteristics, we analyzed 10,147 SARS-CoV-2 sequences from 5 continents and 21 countries that were deposited in the GISAID database up until January 31, 2023. Our results revealed over 100 independent lineages of the virus circulating in water samples from March 2020 to January 2023, including variants of interest and concern. We observed four clearly defined periods of global distribution of these variants over time, with one variant being replaced by another. Interestingly, we found that SARS-CoV-2 water-borne sequences from different countries had a close phylogenetic relationship. Additionally, 40 SARS-CoV-2 water-borne sequences from Europe and the USA did not show any phylogenetic relationship with SARS-CoV-2 human sequences. We also identified a significant number of non-synonymous mutations, some of which were detected in previously reported cryptic lineages. Among the countries analyzed, France and the USA showed the highest degree of sequence diversity, while Austria reported the highest number of genomes (6,296). Our study provides valuable information about the epidemiological and genomic diversity of SARS-CoV-2 in wastewater, which can be employed to support public health initiatives and preparedness.application/pdfhttps://doi.org/10.1016/j.heliyon.2024.e27452https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42906engHeliyonAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 InternationalAbierto (Texto Completo)http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Heliyoninstname:Universidad del Rosarioreponame:Repositorio Institucional EdocURSARS-CoV-2Linaje crípticoanálisis hilogenéticoSustitución VarianteSARS-CoV-2Cryptic lineagehylogenetic analysisSubstitution VariantGlobal and genetic diversity of SARS-CoV-2 in wastewaterarticleArtículo de Investigaciónhttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85http://purl.org/coar/resource_type/c_6501Patiño,Luz HelenaBallesteros, NathaliaMuñoz, MarinaLorena Ramírez, AngieCastañeda,SergioGaleano,Luis AlejandroHidalgo, ArsenioPaniz-Mondolfi,AlbertoRamírez, Juan DavidORIGINALGlobal and genetic diversity.pdfapplication/pdf3365055https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/4f8c5de4-9971-4590-adee-09063766df0a/downloada073ee74dfaaf2de3db7be9c450fc3a5MD51TEXTGlobal and genetic diversity.pdf.txtGlobal and genetic diversity.pdf.txtExtracted texttext/plain70254https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/074e7580-2d46-4b33-bae6-26d1c6fb80d3/download281c86afc600b03105f6df9a83e7a9bfMD52THUMBNAILGlobal and genetic diversity.pdf.jpgGlobal and genetic diversity.pdf.jpgGenerated Thumbnailimage/jpeg4065https://repository.urosario.edu.co/bitstreams/7e12fa18-05b7-4c32-b674-d093d8421162/download2842294c2be124772c85db165b0615b3MD5310336/42906oai:repository.urosario.edu.co:10336/429062024-07-09 03:02:30.392http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 Internationalhttps://repository.urosario.edu.coRepositorio institucional EdocURedocur@urosario.edu.co |