Selecting barcoding loci for plants: Evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plants

Ha habido un debate considerable, pero poco consenso con respecto a la elección del lugar para las plantas terrestres con códigos de barras de ADN. Esto se debe en parte a la escasez de datos comparables de todos los loci candidatos propuestos en un conjunto común de muestras. En este estudio, evalu...

Full description

Autores:
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2009
Institución:
Universidad del Rosario
Repositorio:
Repositorio EdocUR - U. Rosario
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:repository.urosario.edu.co:10336/26927
Acceso en línea:
https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.x
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Palabra clave:
Plastidios Candidatas
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description Ha habido un debate considerable, pero poco consenso con respecto a la elección del lugar para las plantas terrestres con códigos de barras de ADN. Esto se debe en parte a la escasez de datos comparables de todos los loci candidatos propuestos en un conjunto común de muestras. En este estudio, evaluamos las siete principales regiones de plastidios candidatas ( rpoC1 , rpoB , rbcL , matK , trnH ? psbA , atpF ? atpH , psbK ? psbI ) en tres grupos divergentes de plantas terrestres [ Inga (angiosperma); Araucaria (gimnosperma); Asterella sl (agrimonia)]. En todos estos grupos, ningún locus mostró altos niveles de universalidad y resolubilidad. El intercambio interespecífico de secuencias de loci individuales fue común. Sin embargo, cuando se combinaron varios loci, se compartieron menos códigos de barras entre las especies. La evaluación del rendimiento de sugerencias publicadas anteriormente de combinaciones particulares de códigos de barras multilocus mostró un rendimiento ampliamente equivalente. Se obtuvieron mejoras menores en estos mediante varias combinaciones nuevas de tres locus que incluían rpoC1 , rbcL , matK y trnH ? psbA , pero ninguna combinación superó claramente a todas las demás. En términos de poder discriminatorio absoluto, se produjeron resultados prometedores en las hepáticas (por ejemplo, c. Discriminación de especies del 90% basada solo en rbcL ). Sin embargo, Inga (radiación rápida) y Araucaria (tasas lentas de sustitución) representan grupos desafiantes para los códigos de barras de ADN, y sus niveles correspondientes de discriminación de especies reflejan esto (estimación superior de discriminación de especies = 69% en Inga y solo 32% en Araucaria; media = 60% promediando los tres grupos).
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En todos estos grupos, ningún locus mostró altos niveles de universalidad y resolubilidad. El intercambio interespecífico de secuencias de loci individuales fue común. Sin embargo, cuando se combinaron varios loci, se compartieron menos códigos de barras entre las especies. La evaluación del rendimiento de sugerencias publicadas anteriormente de combinaciones particulares de códigos de barras multilocus mostró un rendimiento ampliamente equivalente. Se obtuvieron mejoras menores en estos mediante varias combinaciones nuevas de tres locus que incluían rpoC1 , rbcL , matK y trnH ? psbA , pero ninguna combinación superó claramente a todas las demás. En términos de poder discriminatorio absoluto, se produjeron resultados prometedores en las hepáticas (por ejemplo, c. Discriminación de especies del 90% basada solo en rbcL ). Sin embargo, Inga (radiación rápida) y Araucaria (tasas lentas de sustitución) representan grupos desafiantes para los códigos de barras de ADN, y sus niveles correspondientes de discriminación de especies reflejan esto (estimación superior de discriminación de especies = 69% en Inga y solo 32% en Araucaria; media = 60% promediando los tres grupos).There has been considerable debate, but little consensus regarding locus choice for DNA barcoding land plants. This is partly attributable to a shortage of comparable data from all proposed candidate loci on a common set of samples. In this study, we evaluated the seven main candidate plastid regions (rpoC1 , rpoB , rbcL , matK , trnH?psbA , atpF?atpH , psbK?psbI ) in three divergent groups of land plants [Inga (angiosperm); Araucaria (gymnosperm); Asterella s.l. (liverwort)]. Across these groups, no single locus showed high levels of universality and resolvability. Interspecific sharing of sequences from individual loci was common. However, when multiple loci were combined, fewer barcodes were shared among species. Evaluation of the performance of previously published suggestions of particular multilocus barcode combinations showed broadly equivalent performance. Minor improvements on these were obtained by various new three?locus combinations involving rpoC1 , rbcL , matK and trnH?psbA , but no single combination clearly outperformed all others. In terms of absolute discriminatory power, promising results occurred in liverworts (e.g. c . 90% species discrimination based on rbcL alone). However, Inga (rapid radiation) and Araucaria (slow rates of substitution) represent challenging groups for DNA barcoding, and their corresponding levels of species discrimination reflect this (upper estimate of species discrimination = 69% in Inga and only 32% in Araucaria; mean = 60% averaging all three groups).application/pdfhttps://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.xISSN: 1755-098Xhttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/26927engJohn Wiley & Sons457No. 2439Molecular Ecology Resources, Molecular Ecology NotesVol. 9Molecular Ecology Resources, ISSN:1755-098X, Vol.9, No.2 (marzo-2009);pp. 439-457https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.xRestringido (Acceso a grupos específicos)http://purl.org/coar/access_right/c_16ecMolecular Ecology Resources, Molecular Ecology Notesinstname:Universidad del Rosarioreponame:Repositorio Institucional EdocURPlastidios CandidatasrpoC1rpoBrbcLmatKtrnH ? psbAatpF ? atpHpsbK ? psbIADNSecuencias de LociPlastidios CandidatasrpoC1rpoBrbcLmatKtrnH - psbAatpF - atpHpsbK - psbIADNSecuencias de LociSelecting barcoding loci for plants: Evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plantsSelección de loci de códigos de barras para plantas: evaluación de siete loci candidatos con muestreo a nivel de especie en tres grupos divergentes de plantas terrestresarticleArtículohttp://purl.org/coar/version/c_970fb48d4fbd8a85http://purl.org/coar/resource_type/c_6501Hollingsworth, Michelle L.Clark, AlexandraForrest, Laura LRichardson, James-EdwardPennington, R. 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