Selecting barcoding loci for plants: Evaluation of seven candidate loci with species-level sampling in three divergent groups of land plants

Ha habido un debate considerable, pero poco consenso con respecto a la elección del lugar para las plantas terrestres con códigos de barras de ADN. Esto se debe en parte a la escasez de datos comparables de todos los loci candidatos propuestos en un conjunto común de muestras. En este estudio, evaluamos las siete principales regiones de plastidios candidatas ( rpoC1 , rpoB , rbcL , matK , trnH ? psbA , atpF ? atpH , psbK ? psbI ) en tres grupos divergentes de plantas terrestres [ Inga (angiosperma); Araucaria (gimnosperma); Asterella sl (agrimonia)]. En todos estos grupos, ningún locus mostró altos niveles de universalidad y resolubilidad. El intercambio interespecífico de secuencias de loci individuales fue común. Sin embargo, cuando se combinaron varios loci, se compartieron menos códigos de barras entre las especies. La evaluación del rendimiento de sugerencias publicadas anteriormente de combinaciones particulares de códigos de barras multilocus mostró un rendimiento ampliamente equivalente. Se obtuvieron mejoras menores en estos mediante varias combinaciones nuevas de tres locus que incluían rpoC1 , rbcL , matK y trnH ? psbA , pero ninguna combinación superó claramente a todas las demás. En términos de poder discriminatorio absoluto, se produjeron resultados prometedores en las hepáticas (por ejemplo, c. Discriminación de especies del 90% basada solo en rbcL ). Sin embargo, Inga (radiación rápida) y Araucaria (tasas lentas de sustitución) representan grupos desafiantes para los códigos de barras de ADN, y sus niveles correspondientes de discriminación de especies reflejan esto (estimación superior de discriminación de especies = 69% en Inga y solo 32% en Araucaria; media = 60% promediando los tres grupos).

• Fecha de publicación: 2009
• Institución: Universidad del Rosario
• Repositorio: Repositorio EdocUR - U. Rosario
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repository.urosario.edu.co:10336/26927
• Acceso en línea: https://doi.org/10.1111/j.1755-0998.2008.02439.x; https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/26927
• Palabra clave: Plastidios Candidatas; rpoC1; rpoB; rbcL; matK; trnH ? psbA; atpF ? atpH; psbK ? psbI; ADN; Secuencias de Loci; Plastidios Candidatas; rpoC1; rpoB; rbcL; matK; trnH - psbA; atpF - atpH; psbK - psbI; ADN; Secuencias de Loci
• License: Restringido (Acceso a grupos específicos)