Caracterización de la microbiota eucariota en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) del departamento de Casanare, Colombia

La investigación de la microbiota en organismos silvestres se vuelve crucial, especialmente con la creciente interacción humana. El desarrollo de las actividades antropogénicas resalta la importancia de comprender la composición de microorganismos eucariotas en hospederos y ambientes, dado su potenc...

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Autores:
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2024
Institución:
Universidad del Rosario
Repositorio:
Repositorio EdocUR - U. Rosario
Idioma:
spa
OAI Identifier:
oai:repository.urosario.edu.co:10336/42397
Acceso en línea:
https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42397
Palabra clave:
Microrganismos eucariotas
Enfermedades zoonóticas
Patógenos
Herramientas de secuenciación de última generación
Eukaryotic microorganisms
Zoonotic diseases
Pathogens
Next-generation sequencing technologies
Rights
License
Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International
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Muñoz Díaz, Clauida Marina
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description La investigación de la microbiota en organismos silvestres se vuelve crucial, especialmente con la creciente interacción humana. El desarrollo de las actividades antropogénicas resalta la importancia de comprender la composición de microorganismos eucariotas en hospederos y ambientes, dado su potencial como agentes patógenos y su riesgo para la salud. Este estudio se enfoca en la caracterización de microorganismos eucariotas en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) de Casanare, Colombia, utilizando 18 muestras pareadas de hisopados anales y bucales de individuos de los municipios de Trinidad y Paz de Ariporo. Se secuencio un fragmento del gen ribosomal 18S rRNA que abarcaba las regiones hipervariables V4 hasta un fragmento de V7. Utilizando la herramienta de asignación taxonómica Kraken2, se identificó la presencia de microorganismos como Lomentospora prolificans, Trypanosoma cruzi, Coccidioides posadasii, Eimeria necatrix, Fonsecaea pedrosoi, Fusarium oxysporum, Neurospora crassa, Penicillium rubens, Phytophthora palmivora, Sarcocystis neurona, entre otros. Se identificó una baja diversidad de especies con una alta dominancia de pocas unidades taxonómicas. La presencia de estos microorganismos en las muestras analizadas se atribuye a la interacción del chigüiro con agentes portadores externos y al entorno ambiental en el que estos animales habitan. Este enfoque taxonómico proporciona una comprensión profunda de las comunidades de eucariotas asociadas con los chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) en la región, destacando organismos de alta relevancia para la salud animal y humana. Los hallazgos confirman el papel de estos roedores como posibles transmisores de organismos patógenos con potencial zoonótico y contribuye a la ecoepidemiología de organismos silvestres, especialmente de los chigüiros (H. hydrochaeris).
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spelling Ramírez González, Juan David1011716118600Muñoz Díaz, Clauida Marinaf637fa08-9f52-4020-b274-b4ad28b5f764-1Grupo de Investigaciones Microbiológicas UR (GIMUR)Marín Sánchez, Jorge ArturoBiólogoPregradoFull time6ef16503-0dfe-4cbe-9c7c-d60c2c223965-12024-04-05T19:53:01Z2024-04-05T19:53:01Z2024-03-22La investigación de la microbiota en organismos silvestres se vuelve crucial, especialmente con la creciente interacción humana. El desarrollo de las actividades antropogénicas resalta la importancia de comprender la composición de microorganismos eucariotas en hospederos y ambientes, dado su potencial como agentes patógenos y su riesgo para la salud. Este estudio se enfoca en la caracterización de microorganismos eucariotas en chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) de Casanare, Colombia, utilizando 18 muestras pareadas de hisopados anales y bucales de individuos de los municipios de Trinidad y Paz de Ariporo. Se secuencio un fragmento del gen ribosomal 18S rRNA que abarcaba las regiones hipervariables V4 hasta un fragmento de V7. Utilizando la herramienta de asignación taxonómica Kraken2, se identificó la presencia de microorganismos como Lomentospora prolificans, Trypanosoma cruzi, Coccidioides posadasii, Eimeria necatrix, Fonsecaea pedrosoi, Fusarium oxysporum, Neurospora crassa, Penicillium rubens, Phytophthora palmivora, Sarcocystis neurona, entre otros. Se identificó una baja diversidad de especies con una alta dominancia de pocas unidades taxonómicas. La presencia de estos microorganismos en las muestras analizadas se atribuye a la interacción del chigüiro con agentes portadores externos y al entorno ambiental en el que estos animales habitan. Este enfoque taxonómico proporciona una comprensión profunda de las comunidades de eucariotas asociadas con los chigüiros (Hydrochoerus hydrochaeris) en la región, destacando organismos de alta relevancia para la salud animal y humana. Los hallazgos confirman el papel de estos roedores como posibles transmisores de organismos patógenos con potencial zoonótico y contribuye a la ecoepidemiología de organismos silvestres, especialmente de los chigüiros (H. hydrochaeris).Investigating the microbiota in wildlife organisms has become increasingly important due to rising human interaction. The surge in anthropogenic activities emphasizes the need to comprehend the composition of eukaryotic microorganisms in these microbiomes, given their potential as pathogenic agents and their implications for human health. This study is specifically focused on characterizing eukaryotic microorganisms in capybaras (Hydrochoerus hydrochaeris) from Casanare, Colombia. We utilized 18 anal and 18 buccal swab samples from individuals in the municipalities of Trinidad and Paz de Ariporo. A fragment of the 18S-rRNA ribosomal gene, spanning from the hypervariable regions V4 to a portion of V7, was sequenced. Using the taxonomic assignment tool Kraken2, the presence of microorganisms such as Lomentospora prolificans, Trypanosoma cruzi, Coccidioides posadasii, Eimeria necatrix, Fonsecaea pedrosoi, Fusarium oxysporum, Neurospora crassa, Penicillium rubens, Phytophthora palmivora, Sarcocystis neurona, among others, was identified. A clear pattern of low species diversity with distinct dominance among them emerged from our analysis. The presence of these microorganisms in the examined samples is attributed to the capybara's interaction with external carrier agents and the environmental surroundings in which these animals inhabit. This taxonomic approach provides a deeper understanding of the eukaryotic microbial community associated with capybaras (H. hydrochaeris) in the region, highlighting organisms of high relevance to animal and human health. The findings confirm the role of these rodents as potential carriers of pathogenic organisms with zoonotic potential and contribute to the ecoepidemiology of wildlife organisms, especially capybaras (H. hydrochaeris).Facultad de Ciencias Naturales Universidad del Rosario29 ppapplication/pdfhttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42397spaUniversidad del RosarioFacultad de Ciencias NaturalesBiologíaAttribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 InternationalAbierto (Texto Completo)Universidad del RosarioEL AUTOR, manifiesta que la obra objeto de la presente autorización es original y la realizó sin violar o usurpar derechos de autor de terceros, por lo tanto la obra es de exclusiva autoría y tiene la titularidad sobre la misma.http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Alarcón Cavero, T., D’Auria, G., Delgado Palacio, S., Del Campo Moreno, R., & Ferrer Martínez, M. (2016). Microbiota. En R. 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