Comparative genomics of Giardia duodenalis sub-assemblage AI beaver (Be-2) and human (WB-C6) strains show remarkable homozygosity, sequence similarity, and conservation of VSP genes

Giardia duodenalis, una de las principales causas de infección transmitida por el agua, infecta a una amplia gama de huéspedes mamíferos y se subdivide en ocho conjuntos genéticamente bien definidos denominados del A al H. Sin embargo, los genomas fragmentados y la falta de análisis comparativos dentro y entre los conjuntos hacen que no quede claro el Mecanismos moleculares que controlan la especificidad del huésped y los resultados diferenciales de la enfermedad. Para abordar esto, generamos un genoma de novo casi completo de un conjunto de IA utilizando la plataforma Oxford Nanopore mediante la secuenciación del genoma Be-2. Generamos 148,144 lecturas largas con puntajes de calidad de 7. El ensamblaje final del genoma consta de solo nueve contigs con un N50 de 3,045,186 pb. Este ensamblaje concuerda estrechamente con el ensamblaje de otra cepa en el ensamblaje AI (WB-C6). Sin embargo, una diferencia crítica es que una región previamente ubicada en la región cinco principal de Chr5 pertenece a Chr4 de Be-2. Encontramos un alto grado de conservación en la ploidía, la homocigosidad y la presencia de proteínas de superficie variantes específicas (VSP) ricas en cisteína dentro del conjunto de IA. Nuestro ensamblaje proporciona un genoma casi completo de un miembro del ensamblaje de IA de G. duodenalis, lo que ayuda a los estudios genómicos de poblaciones capaces de dilucidar la transmisión de Giardia, el rango de huéspedes y la patogenicidad.

• Fecha de publicación: 2024
• Institución: Universidad del Rosario
• Repositorio: Repositorio EdocUR - U. Rosario
• Idioma: eng
• OAI Identifier: oai:repository.urosario.edu.co:10336/42932
• Acceso en línea: https://doi.org/10.1038/s41598-024-63783-5; https://repository.urosario.edu.co/handle/10336/42932
• Palabra clave: Giardia; Anotación; Ensamblaje del genoma; Secuenciación de lectura larga; Ploidía; Synteny; Giardia; Annotation; Genome assembly; Long-read sequencing; Ploidy; Synteny
• License: Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International