Cryptic transmission and novel introduction of Dengue 1 and 2 genotypes in Colombia

El dengue sigue siendo un reto para la salud pública en Colombia, siendo la enfermedad infecciosa más prevalente en el país. Por lo tanto, el sistema colombiano enfrenta retos en la vigilancia genómica. Este estudio tuvo como objetivo evaluar la transmisión local del virus del dengue (DENV) y la div...

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Autores:
Tipo de recurso:
Fecha de publicación:
2024
Institución:
Universidad del Rosario
Repositorio:
Repositorio EdocUR - U. Rosario
Idioma:
eng
OAI Identifier:
oai:repository.urosario.edu.co:10336/43352
Acceso en línea:
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Palabra clave:
Virus del dengue
Epidemiología genómica
Filogenómica
Transmisión críptica
Genotipo cosmopolita
Dengue virus
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Cryptic transmission
Cosmopolitan genotype
Rights
License
Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International
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El serotipo predominante fue el DENV-2 (108/143), siendo el genotipo asiático-americano (AA) (91/118) el más prevalente. El análisis filogenético reveló la circulación concurrente de dos linajes tanto del DENV-2 AA como del DENV-1 V, lo que sugiere un intercambio genético continuo con secuencias procedentes de Venezuela y Cuba. La continua migración de ciudadanos venezolanos hacia Colombia puede contribuir a este intercambio, enfatizando la necesidad de reforzar las medidas de prevención en las zonas fronterizas. Notablemente, el análisis de Tiempo al Ancestro Común Más Reciente identificó la transmisión críptica de DENV-2 AA desde aproximadamente 2015. Esto desafía la noción de que los brotes importantes son desencadenados únicamente por introducciones recientes del virus, enfatizando la importancia de la vigilancia genómica activa. El estudio también puso en relieve las presiones de selección contrastadas sobre el DENV-1 V y el DENV-2 AA, experimentando este último una selección positiva, que posiblemente influya en su transmisibilidad. La presencia de un genotipo cosmopolita en Colombia, vinculado a Brasil, suscita preocupación por las rutas de transmisión, lo que subraya la necesidad de realizar estudios exhaustivos sobre la evolución del DENV. A pesar de las limitaciones, el estudio subraya el papel crucial de la epidemiología genómica en la detección temprana y la comprensión de los genotipos del DENV, abogando por técnicas avanzadas de secuenciación como un sistema de alerta temprana para ayudar a prevenir y controlar los brotes de dengue en Colombia y en el mundo.Dengue fever remains as a public health challenge in Colombia, standing as the most prevalent infectious disease in the country. The cyclic nature of dengue epidemics, occurring approximately every three years, is intricately linked to meteorological events like El Niño Southern Oscillation (ENSO). Therefore, the Colombian system faces challenges in genomic surveillance. This study aimed to evaluate local dengue virus (DENV) transmission and genetic diversity in four Colombian departments with heterogeneous incidence patterns. For this study, we processed 266 serum samples to identify DENV. Subsequently, we obtained 118 genome sequences by sequencing DENV genomes from serum samples of 134 patients infected with DENV-1 and DENV-2 serotypes. The predominant serotype was DENV-2 (108/143), being the Asian-American (AA) genotype (91/118) the most prevalent one. Phylogenetic analysis revealed concurrent circulation of two lineages of both DENV-2 AA and DENV-1 V, suggesting ongoing genetic exchange with sequences from Venezuela and Cuba. The continuous migration of Venezuelan citizens into Colombia can contribute to this exchange, emphasizing the need for strengthened prevention measures in border areas. Notably, the Time to Most Recent Common Ancestor analysis identified cryptic transmission of DENV-2 AA since approximately 2015, leading to the recent epidemic. This challenges the notion that major outbreaks are solely triggered by recent virus introductions, emphasizing the importance of active genomic surveillance. The study also highlighted the contrasting selection pressures on DENV-1 V and DENV-2 AA, with the latter experiencing positive selection, possibly influencing its transmissibility. The presence of a cosmopolitan genotype in Colombia, linked to Brazil, raises concerns about transmission routes, emphasizing the necessity for thorough DENV evolution studies. Despite limitations, the study underscores genomic epidemiology's crucial role in early detection and comprehension of DENV genotypes, advocating for advanced sequencing techniques as an early warning system to aid in preventing and controlling dengue outbreaks in Colombia and globally.35 ppapplication/pdfhttps://repository.urosario.edu.co/handle/10336/43352engUniversidad del RosarioFacultad de Ciencias NaturalesMaestría en Ciencias NaturalesAttribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 InternationalAbierto (Texto Completo)http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/http://purl.org/coar/access_right/c_abf2Bhatt S, Gething PW, Brady OJ, Messina JP, Farlow AW, Moyes CL, et al. The global distribution and burden of dengue. Nature. abril de 2013;496(7446):504-7.Informe de situación N.2. Situación epidemiológica del dengue en las Américas - Semana epidemiológica 52, 2023 - OPS/OMS | Organización Panamericana de la Salud [Internet]. [citado 26 de enero de 2024]. 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