Evolutionary history of the group formerly known as protists using a phylogenomics approach (2016)
La falta de organización en linajes discretos en la filogenia y la taxonomía del grupo anteriormente llamado protistas ha retrasado la comprensión de la historia evolutiva del grupo y la comparación de rasgos entre los miembros del mismo. En este estudio usamos una aproximación filogenómica para plantear hipótesis filogenéticas del grupo mencionado. Usamos una estrategia basada en el agrupamiento automático de ortólogos (OrthoMCL) para recuperar 72 grupos de ortólogos de 73 especies. Un árbol obtenido con el método de maxima verosimilitud fue estimado a partir de una supermatriz de datos. De manera general obtuvimos inferencias filogenéticas consistentes con publicaciones previas pero se observaron algunos patrones de ramificación inesperados con valores bajos de soporte. A pesar de la gran cantidad de genes de los grupos Opisthokonta, este clado aparece polifilético. No pudimos demostrar la monofilia de Excavata, muy probablemente debido a artefactos de atracción de ramas largas. Un segundo conjunto de datos fue construido luego de eliminar los sitios de rápida evolución/saturados. El test de Shimodaira-Hasegawa se calculó con el fin de verificar si nuestros datos e inferencias filogenéticas controvertían patrones de ramificación reportados previamente. Los resultados de los tests sugieren que las topologías propuestas en estudios previos no son significativamente mejores que las topologías propuestas en este estudio. Nuevas relaciones fueron encontradas dentro de los Opisthokonta, para dos especies, Thecamonas trahens y Capsaspora owczarzaki. Adicionalmente, algunas posiciones filogenéticas controversiales se encontraron para varios grupos eucariotas con nuestra aproximación filogenómica. En el estudio se discuten las relaciones de los grupos Alveolata y Stramenopila, siendo este ultimo grupo de especial interés para nuestro grupo de investigación.