Caracterización transcriptómica de bacterias relacionadas con eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin carcinoma escamocelular oral

Objetivo. Caracterizar la expresión génica de 40 especies bacterianas compatibles con procesos de eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin OSCC Material y Método. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal en muestras de placa y saliva de 10 pacientes con OSCC y 10 sin OSCC con género...

Full description

Autores:
ERIRA , ALVEIRO
GAMBOA, FREDY
ARREGUI, ANGEL
TOBAR, FABIAN
GARCIA , ADRIANA
Tupaz Erira, Herlinto Alveiro
Tipo de recurso:
Article of journal
Fecha de publicación:
2022
Institución:
Universidad Cooperativa de Colombia
Repositorio:
Repositorio UCC
Idioma:
OAI Identifier:
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Acceso en línea:
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Palabra clave:
Carcinoma escamocelular oral
transcriptoma
Eubiosis
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description Objetivo. Caracterizar la expresión génica de 40 especies bacterianas compatibles con procesos de eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin OSCC Material y Método. Se realizó un estudio descriptivo de corte transversal en muestras de placa y saliva de 10 pacientes con OSCC y 10 sin OSCC con géneros y edades similares, mínimo 4 dientes en boca. ARN total fue extraído y secuenciado mediante HiSeq™ 2500 de Illumina. Se analizaron secuencias con herramientas bioinformáticas (trimmomatic, SortMeRNA, BMTagger, RNA-Seq, bowtie2 y kraken2) y bases de datos (PATRIC, CARD, VICTORS). Resultados. El grupo de eubiosis S. macedonicus, S. lutetiensis, S. infantarius, S. parauberis, L. helveticus, T. intermedia, S. novella y E. asburiae expresaron 169 genes, y el grupo de disbiosis L. pneumophila, M. hominis, M. conjunctivae, G. vaginalis, C. canimorsus, P. stuartii expresaron 76 genes, la actividad transcripcional se relacionó con metabolismo de carbohidratos, nucleótidos, aminoácidos y energía, que a su vez se asoció con resistencia a antibióticos, factores de virulencia, blancos de medicamentos y transporte. Conclusión. La actividad transcripcional de S. macedonicus, S. infantarius, S. lutetiensis, S.pasteurianus, S. parauberis, C. violaceum y S. novella se asocia con procesos de eubiosis y T. intermedia y P. stuartii con procesos de disbiosis.
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Resultados. El grupo de eubiosis S. macedonicus, S. lutetiensis, S. infantarius, S. parauberis, L. helveticus, T. intermedia, S. novella y E. asburiae expresaron 169 genes, y el grupo de disbiosis L. pneumophila, M. hominis, M. conjunctivae, G. vaginalis, C. canimorsus, P. stuartii expresaron 76 genes, la actividad transcripcional se relacionó con metabolismo de carbohidratos, nucleótidos, aminoácidos y energía, que a su vez se asoció con resistencia a antibióticos, factores de virulencia, blancos de medicamentos y transporte. Conclusión. La actividad transcripcional de S. macedonicus, S. infantarius, S. lutetiensis, S.pasteurianus, S. parauberis, C. violaceum y S. novella se asocia con procesos de eubiosis y T. intermedia y P. stuartii con procesos de disbiosis.Objetive. Characterize the gene expression of 40 bacterial species compatible with eubiosis and dysbiosis processes in patients with and without OSCC. Material and method. A descriptive cross-sectional study was carried out on plaque and saliva samples from 10 patients with OSCC and 10 without OSCC with similar genders and ages, minimum of 4 teeth in the mouth. Total RNA was extracted and sequenced using Illumina HiSeq™ 2500. Sequences were analyzed with bioinformatic tools (trimmomatic, SortMeRNA, BMTagger, RNA-Seq, bowtie2, and kraken2) and databases (PATRIC, CARD, VICTORS). Results. The eubiosis group S. macedonicus, S. lutetiensis, S. infantarius, S. parauberis, L. helveticus, T. intermedia, S. novella, and E. asburiae expressed 169 genes, and the dysbiosis group L. pneumophila, M. hominis, M. conjunctivae, G. vaginalis, C. canimorsus, P. stuartii expressed 76 genes, transcriptional activity was related to the metabolism of carbohydrates, nucleotides, amino acids and energy, which in turn was associated with resistance to antibiotics, factors of virulence, drug targets and transport. Conclusion. The transcriptional activity of S. macedonicus, S. infantarius, S. lutetiensis, S. pasteurianus, S. parauberis, C. violaceum, and S. novella is associated with processes of eubiosis and T. intermedia and P. stuartii with processes of dysbiosisHERLINTO ALVEIRO TUPAZ0000-0003-1509-5631GIOBUCCalveiro.erira@campusucc.edu.cohttps://scholar.google.com/citations?user=67OqbSEAAAAJ&hl=es9Jorge Enrique Gómez MarínUNIVERSIDAD COOPERATIVA DE COLOMBIAOdontologíaBogotáhttps://www.revistainfectio.org/P_OJS/index.php/infectio/article/view/1092INFECTIOCarcinoma escamocelular oraltranscriptomaEubiosisDisbiosisOral squamous cell carcinomaTranscriptomeEubiosisDysbiosisCaracterización transcriptómica de bacterias relacionadas con eubiosis y disbiosis en pacientes con y sin carcinoma escamocelular 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