Secuenciación y análisis de exomas de pacientes con cáncer gástrico en el departamento de Nariño, Colombia (2019)
El cáncer gástrico (CG) es una enfermedad multifactorial en la que intervienen factores tanto ambientales como genéticos. En Nariño, región con una alta incidencia de la patología, existen escasos reportes sobre mutaciones oncogénicas, lo que sugiere la necesidad de estudios NGS para la identificación masiva de variantes que impulsan la enfermedad. Con el objetivo de caracterizar el exoma de pacientes con CG de tipo esporádico en Nariño, se llevó a cabo la secuenciación de exoma en muestras tumorales (FFPE y tejido fresco) de tres pacientes, dos con histotipo intestinal y uno con difuso. Se identificaron un total de 90 SNPs patogénicos en 61 genes previamente conocidos en CG, de los cuales aquellos que se reportaron en los tres pacientes se albergaron en los genes, XRCC1, IL4R, TP53, HNF1A, HNF1A, FLT3, APOB, BRCA2, CDH11, COL5A3, PKHD1 y MUC6. Igualmente, MUC6 y MEOX2, presentaron indels patogénicos en los tres tumores. MUC6, PKHD1 y COL5A3 se encontraron frecuentemente mutados. Entre las principales vías alteradas se identificaron la vía del ciclo celular y adhesión focal. Los individuos con CG de tipo intestinal presentaron variantes patogénicas en genes como ATP4A, GSTP1 y CYP2E1 relacionados con la respuesta a la exposición de factores ambientales. Mientras que en el paciente con el histotipo difuso, se identificaron variantes en los genes FAT4 y MTHFR que pueden estar relacionadas con un peor pronóstico, característica de este tipo de cáncer. Estos resultados representan la base de la búsqueda y validación de biomarcadores para guiar el tratamiento de la patología.